三维基因组技术（四）：Compartment 分析流程

写在前面

以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记

1.Compartment计算

2.Compartment 分析流程

• 2.1 Cworld-dekker软件的安装

• git clone https://github.com/blajoie/cworld-dekker.git
  #Change directory to the `cworld-dekker` and install the `Perl` module:
  perl Build.PL
  ./Build
  ./Build install --install_base /your/custom/dir
  (ensure /your/custom/dir is added to your PERL5LIB path)
  
  #e.g.
  ./Build install --install_base ~/perl5
  # then in .bashrc
  export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home/<yourusername>/perl5/lib/perl5

  2.2 分析所用数据

互作图谱分染色体matrix数据，如何获得请看：三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

• 2.3 为矩阵添加header

header文件需要自己准备，操作采用cworld的addMatrixHeaders为矩阵文件添加header

perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/addMatrixHeaders.pl \
-i data/example.matrix \
--xhf data/headerxchr1 \
--yhf data/headerychr1

-I：添加cworld的库，连接到cworld软件所在目录即可
-i：matrix 文件
--xhf：横坐标表头
--yhf：纵坐标表头

自制Header文件，横纵坐标可以相同，形如：

结果文件

• 2.4 扣除背景/计算z-scale

操作采用cworld的matrix2loess.pl

#export PATH=/software/R/R-3.5.0/bin/:$PATH
#export PATH=/software/bedtools/bedtools2-2.28.0/bin/:$PATH
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/matrix2loess.pl \
-i example.addedHeaders.matrix.gz

结果文件以zScore.matrix.gz结尾

• 2.5 转换相关矩阵与PCA分析同时进行

采用cworld的matrix2EigenVectors.py，需要给一个example_gene.bed文件

python software/cworld-dekker/scripts/python/matrix2EigenVectors.py \
-i example.addedHeaders.zScore.matrix.gz \
-r data/example_gene.bed

另外生成的图片以compartments.png结尾

定义基因密度较高的区域为compartmentsA，反之为compartmentsB