三维基因组技术（五）：TAD 分析流程

写在前面

以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen）暑期生信培训班上记录的课堂笔记

1.TAD

2.TAD分析流程

• 2.1 Cworld-dekker软件的安装

• git clone https://github.com/blajoie/cworld-dekker.git
  #Change directory to the `cworld-dekker` and install the `Perl` module:
  perl Build.PL
  ./Build
  ./Build install --install_base /your/custom/dir
  (ensure /your/custom/dir is added to your PERL5LIB path)
  
  #e.g.
  ./Build install --install_base ~/perl5
  # then in .bashrc
  export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home/<yourusername>/perl5/lib/perl5

  2.2 分析所用数据

互作图谱分染色体matrix数据(单染色的矩阵)，如何获得请看：三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

• 2.3 为矩阵添加header

header文件需要自己准备，操作采用cworld的addMatrixHeaders为矩阵文件添加header

perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/addMatrixHeaders.pl \
-i data/example.matrix \
--xhf data/headerxchr2 \
--yhf data/headerychr2

-I：添加cworld的库，连接到cworld软件所在目录即可
-i：matrix 文件
--xhf：横坐标表头
--yhf：纵坐标表头
自制Header文件，横纵坐标可以相同，和上一次的不同就是，分辨率更小了（10kb），形如：

• 2.4 TAD边界鉴定

#export PATH=/local_data1/train/software/R/R-3.5.0/bin/:$PATH
#export PATH=/local_data1/train/software/bedtools/bedtools2-2.28.0/bin/:$PATH
perl -I /software/cworld-dekker/ \
/software/cworld-dekker/scripts/perl/matrix2insulation.pl \
--is 100000 --ids 40000 \
-i example.addedHeaders.matrix.gz

-I：cworld-dekker的库
--is：方框的大小，最好是矩阵分辨率的整倍数（如50kb），好计算

--ids：window size of insulationd delta，矩阵分辨率的整倍数（如20kb），好计算

-i：input matrix file，必须是单染色的矩阵，防止划框移动到其他染色体上

• 结果文件以boundaries结尾
  
  
• 2.5 结果整理

perl boundaries2bed.pl \
example.addedHeaders--is100000--nt0--ids40000--ss0--immean.insulation.boundaries \
17718942 chr6 > example.tad.bed