简介
MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据。拥有自己的肽段搜索引擎- Andromeda。对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞离解(HCD)和电子转移离解(ETD)所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。
使用
1.打开maxquant界面
6大参数配置模块，大部分默认就可以，较重要模块介绍如下：
- 原始数据：导入原始数据和设计实验，包括组分和样本，Group（指不同的实验，如label/SILAC同时进行即为2个Group0和Group1，一般跑一个就可以）；
- 组特定参数：Group参数的设置，一般只是Group0；
- 性能：显示正在运行的具体步骤和动态；
- 可视化：数据可视化模块， 能在labelfree定量中呈现三维图形。视情况可不设置；
- 组态：用于配置修饰、酶，以及数据库ID规则设置等，一般无额外需求，无需设置。
2.导入原始数据“Load”：将.raw文件直接导入软件，根据样本选择“No fractions”或者”Set fractions”。
3.设置组特定参数Type 中设置使用的标记技术。
4.设置全局参数
Sequences 中添加物种蛋白质序列文件。设置Taxonomy ID，输入物种拉丁文名称即可得到。
5.点击开始，启动运行。