在 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用 这篇文章中介绍了如何使用MaxQuant进行蛋白质定量。但是只适用于样品少（11个样品以内）的分析，但是如果样品特别多（比如有18个样品）时，标记是不够用的，这时候可以将样品分成3组分析，每组使用6标测序。然后再使用MaxQuant定量。MaxQuant定量方法如下：
1.导入数据并分组
这里每组6个样品有9个原始数据文件，将每组对应的Parameter group 和 Experiment 设为一组，Fraction 设为1-9。如下图所示：
2.设置每组所使用的标记
在“组特定参数” 这里设置每组使用的标记，Group0、Group1、Group2三组都使用的6plex TMT。
3.设置全局参数
Sequences 中添加物种蛋白质序列文件。并设置Taxonomy ID，输入物种拉丁文名称即可得到。
4.点击开始，启动运行。
5.将定量结果跑蛋白质流程。（可忽略）
跑流程是需要提供2个文件，第一个是sample_label.txt，如下所示：
第一列为样品id，第2列为样品使用的标记。
第二个文件为sample_info.txt，如下图所示：
该文件为3组样品的信息，每6行为一组。
第一列由Reporter intensity 1开始，逐行累加，直到该组结束，下组重新由1开始。
第二列为样品名称，样品名称顺序与所使用标签顺序保持一致。
第三列为样品所属生物学重复分组。
第四列为生物学重复。
第五列为所属分组，与 1 中Experiment保持一致。