Cox回归列线图(Nomogram)制作详细教程

# 请先安装好各个相关包再运行代码
 
　　# install.packages("VIM")
 
　　library(foreign) # 读取spss格式数据
 
　　library(survival)
 
　　library(rms)
 
　　library(VIM) # 包中aggr()函数，判断数据缺失情况
 
　　if (!require("VIM")) {
 
　　install.packages("VIM", repos="https://cran.rstudio.com/")
 
　　library("VIM")
 
　　}
 
　　par(family = "STXihei") # 指定绘制图片中的字体
 
　　# 数据来自张文彤《SPSS统计分析高级教程》
 
　　url <- 'http://online.hyconresearch.com:4096/spss20/spss20advdata.zip'
 
　　# 书中数据下载地址
 
　　file <- basename(url)
 
　　# 获取文件名 spss20advdata.zip
 
　　if (!file.exists(file)) download.file(url, file)
 
　　# 判断工作目录下是否有spss20advdata.zip文件，如果不存在则执行下载数据命令
 
　　unzip(file) # 解压缩zip文件
 
　　pancer <- read.spss('part4/pancer.sav') # 读取文件
 
　　pancer <- as.data.frame(pancer)
 
　　# Cox回归所需数据类型为数据框格式，将其转换为数据框格式
 
　　aggr(pancer,prop=T,numbers=T)
 
　　# 判断pancer各个变量的数据缺失情况，出现红色即有缺失，绘制列线图不允许缺失值存在
 
　　pancer$censor <- ifelse(pancer$censor=='死亡',1,0)
 
　　# Cox回归结局变量需为数值变量
 
　　pancer$Gender <- as.factor(ifelse(pancer$sex=='男',"Male","Female"))
 
　　# 更改变量名称以及变量取值
 
　　pancer$Gendr <- relevel(pancer$Gender,ref='Female') # 设置参考组
 
　　dd<-datadist(pancer)
 
　　options(datadist='dd')
 
　　coxm <- cph(Surv(time,censor==1)~age+Gender+trt+bui+ch+p+stage,x=T,y=T,data=pancer,surv=T)
 
　　# 建立Cox回归方程
 
　　surv <- Survival(coxm) # 建立生存函数
 
　　surv1 <- function(x)surv(1*3,lp=x)
 
　　surv2 <- function(x)surv(1*6,lp=x)
 
　　surv3 <- function(x)surv(1*12,lp=x)
 
　　plot(nomogram(coxm,fun=list(surv1,surv2,surv3),lp= F,funlabel=c('3-Month Survival','6-Month survival','12-Month survival'),maxscale=100,fun.at=c('0.9','0.85','0.80','0.70','0.6','0.5','0.4','0.3','0.2','0.1')),xfrac=.45)