Bioperl输出序列文件（Bioperl HOWTO翻译3）

2012/07/27评论2,312

输出序列文件

下面将展示如何利用两个模块创建一个序列文件。上例中，已经有了一个序列对象$seq_obj，然后需要创建另一个用于读写文件的对象，SeqIO对象。IO表示Input-Output（输入输出）。Bio::SeqIO可用于读取和输出各种Bioperl支持的序列格式文件（支持的序列格式列表详见SeqIO HOWTO）。创建Bio::SeqIO对象和前述使用new()创建序列对象的方法类似，如下所示：

use Bio::SeqIO;
$seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => '>sequence.fasta', -format => 'fasta' );

注：在-file参数中，“>”符号表示要创建一个名字为“sequence.fasta”的文件用于内容输出。这和一般Perl脚本中，使用函数open()来写文件也是用“>”。（译者注：< 输入、> 输出）。在“-format”参数中声明序列格式是“fasta”，所以创建的会是一个fasta格式的序列文件。

现在来把刚才的两个例子放在一起：

#!/bin/perl -w
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
$seq_obj = Bio::Seq->new(-seq => "aaaatgggggggggggccccgtt",
-display_id => "#12345",
-desc => "example 1",
-alphabet => "dna" );
$seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => '>sequence.fasta', -format => 'fasta' );
$seqio_obj->write_seq($seq_obj);

最后一行write_seq()是个新东西，是不？在这一行中，序列对象$seq_obj作为write_seq()的参数传递给了SeqIO对象。从另一个角度看，SeqIO对象能够识别并处理序列对象，并将此序列对象以fasta格式输出到一个文件中。来试着运行一下这个脚本：

perl seqio.pl

在同一文件夹下会有一个新的文件，“sequence.fasta”，内容如下：

>#12345 example 1
aaaatgggggggggggccccgtt

SeqIO非常聪明，比如我们把-format参数设置为“genbank”，序列文件会变成这样：

LOCUS       #12345                    23 bp    dna     linear   UNK
DEFINITION  example 1
ACCESSION   unknown
FEATURES             Location/Qualifiers
BASE COUNT        4 a      4 c     12 g      3 t
ORIGIN       1 aaaatggggg ggggggcccc gtt
//

本文来源：http://bioops.info/2011/09/bioperl-howto-write-seq-to-file/

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