1. 对于UNIX用户
（1）下载BioPerl的源代码，并解压。我提供两个网址：
http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
（2）进入该目录，然后执行下列命令：
$ perl Build.PL
$ ./Build test
# ./Build install （注意：执行./Build install时必须要有系统管理员权限）
BioPerl和许多其他模块有依赖关系，所以在安装过程中系统会反复询问你是否要安装XX模块。你最好要在连接Internet的情况下安装才行。
如果你只想用BioPerl的核心模块，不想使用额外附加功能，可以选择不安装。但我不敢保证以后使用是否会出现问题。
2. 对于windows用户
（1）使用ActivestatePerl的PPM（Perl包管理器）来安装。这种方法速度很慢，如果你机器配置不够好的话只有等着死机。
（2）使用命令行模式安装。这种方法很稳定，强力推荐。注意安装全过程必须要有稳定的Internet连接 你需要执行的命令是：
C:> ppm-shell (回车出现下一行)
ppm>
ppm> repo add http://bioperl.org/DIST
ppm> repo add uwinnipeg
ppm> repo add trouchelle
ppm> install BioPerl
判断系统上是否已经安装了一个模块，可以尝试使用perldoc命令查看模块的文档。如果能够查阅它的文档，说明已经安装成功了。
对于BioPerl来说，我们可以查看其中的一个模块的文档：
perldoc Bio：：Seq