GBrowse的介绍与安装

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什么是GBrowse？

  • The Generic Genome Browser (GBrowse) is a genome viewer.
  • GBrowse是个开源的基因组浏览器；
  • 是一个图形化展示基因组数据；
  • 与Ensemble、UCSC Genome Browser、mapviewer等同属一类，但其目的是开源工具本身，注重工具的易用性，可配置性，文档等，如果你也想展示自己的数据，GBrowse是最好的选择。包括数据的制备、多种数据库的支持、灵活而强大的配置语法、可以定制的插件库、完善的文档教程等等；
  • wiki: http://gmod.org/wiki/Gbrowse

GBrowse的安装

下面是基于技术构建对于GBrowse的描述

  • 是基于perl、bioperl的
  • 是基于B/S架构的web系统
  • linux、apache、mysql使其最理想的环境
  • 目前2.0版本还不太稳定

所以其安装，可以分为以下三个部分：

  1. 环境准备，包括操作系统的安装、apache的安装，mysql的安装，perl的安装；
  2. 依赖包得安装，包括：
    • Module::Build
    • GD
    • Bio::Perl (version 1.6.0 or higher)
    • Bio::Graphics
    • JSON
    • LWP
    • Storable
    • IO::String
    • Capture::Tiny
    • File::Temp
    • Digest::MD5
    • CGI::Session
    • Statistics::Descriptive

    具体以安装手册为准。

  3. GBrowse的安装
  4. 目录权限设置及其相关的配置

什么时候GBrowse的示例的图形正常显示，就可以认为已经安装完成了，下面就是深入的研究配置，将自己的数据展示出来。

GBrowse的安装手册写的非常好，可以按照步骤去具体操作，不同的操作系统、不同的应用环境，情况也不同，这里只是为了让你对其增加些了解，以及分享些经验，去用一种思路快速的解决遇到的问题。简单的写一个安装步骤，倒是容易，但是到底好不好用，就不好说了，所以读官方文档是最好的选择。

注意事项：

  • 越是新手，越是要按照手册来，一步步来，要不遇到的问题解决了，再开始下一步；
  • 对于许多模块可以使用cpan进行安装，如果其报告错误，一定要下源代码进行编译安装；
  • 遇到问题，解决问题就是调试的过程，注意调试的方面，去认真的读错误信息，特别要注意去读apache的error日志，关键是定位问题，是apache问题，perl问题，权限问题，依赖包问题，还是其他；
  • GBrowse也可以在windows下安装，不推荐安装，主要是依赖的perl库的安装可能会遇到很多的麻烦，如果你使用1.0的版本，还是很容易安装的；
  • 注意更新，及时更新，你遇到的解决不了的问题，更新过后或许就不存在了，目前的版本你还是很容易遇到bug的

来源：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1773

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