GBrowse安装记录

安装步骤

1. perl、mysql安装略过
2. apache安装
   [shell]
   % cd httpd-2.x.xx
   % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm=prefork
   % make && make install
   [/shell]
3. libgd2的安装
   [shell]
   wget http://www.libgd.org/releases/gd-2.0.35.tar.gz
   tar zxvf gd-2.0.35.tar.gz
   cd gd-2.0.35
   ./configure
   sudo make install
   [/shell]
4. mod_perl安装
   [shell]
   wget http://perl.apache.org/dist/mod_perl-2.0-current.tar.gz
   tar zxvf mod_perl-2.0-current.tar.gz
   cd mod_perl-2.0-current
   perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX="$HOME/httpd-2.2" MP_AP_CONFIGURE="--with-mpm=prefork"
   make
   make test
   make install
   [/shell]
5. 必须的Perl libraries安装
   [shell]
   sudo perl -MCPAN -e 'install Module::Build'
   sudo perl -MCPAN -e'install GD'
   sudo perl -MCPAN -e'install JSON'
   sudo perl -MCPAN -e'install LWP'
   sudo perl -MCPAN -e'install Storable'
   sudo perl -MCPAN -e'install IO::String'
   sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'
   sudo perl -MCPAN -e'install File::Temp'
   sudo perl -MCPAN -e'install Digest::MD5'
   sudo perl -MCPAN -e'install CGI::Session'
   sudo perl -MCPAN -e'install Statistics::Descriptive'
   sudo perl -MCPAN -e'install GD::SVG'
   sudo perl -MCPAN -e'install DBI'
   sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql'
   sudo perl -MCPAN -e'install DBD::Pg'
   sudo perl -MCPAN -e'install DB_File::Lock'
   sudo perl -MCPAN -e'install File::NFSLock'
   sudo perl -MCPAN -e'install Template'
   sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Root::Version'
   sudo perl -MCPAN -e'install Date::Parse'
   sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'
   sudo perl -MCPAN -e'install Test::Most
   sudo perl -MCPAN -e'install Bio::ASN1::EntrezGene
   sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql
   sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Perl'
   sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Graphics'
   [/shell]

   如果安装失败，下载源代码进行安装，比如对于bioperl的安装：
   [shell]
   wget --no-check-certificate \
   http://github.com/bioperl/bioperl-live/tarball/master -O bioperl.tar.gz
   tar zxvf bioperl.tar.gz
   cd bioperl-bioperl*
   perl Build.PL
   sudo ./Build install
   [/shell]

6. GBrowse的安装
   [shell]
   svn co https://gmod.svn.sourceforge.net/svnroot/gmod/Generic-Genome-Browser/trunk Generic-Genome-Browser
   cd Generic-Genome-Browser
   [/shell]
   ===编译===
   [shell]
   perl Build.PL \
   --cgibin=$HOME/httpd/cgi-bin/gbrowse2 \
   --conf=$HOME/httpd/conf/gbrowse2 \
   --htdocs=$HOME/httpd/htdocs/gbrowse2 \
   --tmp=$HOME/httpd/tmp \
   --portdemo=8080 \
   --wwwuser=daemon

   ./Build test
   [/shell]
   有些测试用例没有通过，但是并不影响对于GBrowse的使用
   ===安装配置===
   计划好安装目录，可以通过该参数进行配置，
   [shell]
   ./Build config
   [/shell]
   如果需要重新配置，需要
   [shell]
   ./Build reconfig
   ./Build demo
   ./Build install
   [/shell]

有关权限需要说明的

• 安装配置需要指明httpd进程的用户，这样使得指定的目录比如数据库文件目录，临时文件目录，Session文件目录具有相应的权限
• 对于配置文件的修改权限，安装时，因为需要向Perl库写入文件，所以需要使用root进行安装，许多文件都是root级别的，需要做相应的修改chown，chmode
• 对于perl模块的安装都是使用root，将其安装到用户的目录，尝试了，但是还没有完全领会
• 页面访问，发生内部错误，通过勘查error.log文件，可以找到错误的确切原因，给予解决

安装感受

• 需要的Perl模块，可以使用CPAN进行安装sudo perl -MCPAN -e shell, install **，但是如果失败的话，一定要按照该模块的说明进行手工安装，大部分原因是需要第三方库；
• perl的模块都可以在  http://search.cpan.org搜索得到；
• 按部就班，将所有需要的模块进行安装，然后就是配置./Build reconfig；
• 这时候还出错的话，就是配置文件出问题了，需要修改GBrowse.conf, 最后遇到的问题就是报告错误。

来源：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1783