Clustal包括Clustalx和Clustalw（前者是图形化界面版本后者是命令界面），是生物信息学常用的多序列比对工具。最近在网上看到一篇关于clustal使用的介绍，里面对clustalx和clustalw的下载、参数设定等等多项使用细节都当做了介绍，并有截图。于是拿过来与大家分享。
1.下载地址：
官方下载地址：http://www.clustal.org/download/current/
Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac...
2.原理：序列同源性分析：
将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等；
Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。
3.操作
3.1 Clustalx的操作
第一步：输入序列文件。
第二步：设定比对的一些参数。
参数设定窗口。
第三步：开始序列比对。
第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式
3.2 Clustalw的使用(一)
第一步：按屏幕提示选择1，输入序列文件
注意：请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中
第二步：选择保存文件的形式，按提示选择，你会的！
第三步：参数设置好后，按Enter返回主界面，开始比对！
关于clustalx的使用参数和批量运行和处理数据的功能，请参考：《Clustal难道不能批量运行？》
EBI提供的在线clustalw服务
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
可以在这里得到更多关于clustal的帮助：
http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
本文来自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5d1edf6a0100x2ji.html