同源序列比对是生物信息学普遍采用的分析方法之一，其中，编码蛋白质DNA序列比对最为常见，在比较基因组学、分子进化学、系统发育等领域具有重要的基础作用。为获取相应的比对结果，通常采用的方法是先比对后回译（back-translate），此方法比直接进行DNA序列比对更可靠、准确。然而，现有相关的工具每次只能处理一组同源序列，无法实现多组同源序列的比对工作。
前面的一篇文章介绍了用clustal进行批量序列比对的方法，请参考《 Clustal难道不能批量运行？》。Clustal只能单纯地比对蛋白序列或者核酸序列。要想将蛋白比对结果回译成核酸序列的比对结果，需要借用其他的工具或者自己写脚本（这里给大家推荐一个脚本PAL2NAL: http://www.bork.embl.de/pal2nal/）
今天给大家推荐一款新的软件ParaAT。该软件相对于clustal+其他脚本的方法，自动化程度高，它自动先对蛋白进行比对，然后将蛋白序列结果回译成相应的核酸，实现多组同源编码蛋白质DNA序列的并行比对。ParaAT可大大降低运行时间，获得较好的并行加速比（speedup），因此，适合大规模、同源序列的比对工作。
该软件的计算方案如下：
ParaAT可在不同操作系统下运行，支持多种不同的输出格式，方便后续相关的生物信息学分析（诸如：用于检测自然选择压力的KaKs_Calculator，PAML等等）。
ParaAT下载地址：http://code.google.com/p/paraat/
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您好，我现在做kaks，想用kaks calculator计算。想请教一下，现有两个微生物基因组蛋白编码的核苷酸和氨基酸序列，接下来要怎么做呢，找直系同源单拷贝基因，在网上看到有人用InParanoid做，但是给的脚本是真核的，而且建议在unix下做，我的是win7的。请问，这个该怎么做？
谢谢！
祝好！