利用DnaSP计算Ka/Ks

前面已经分享了一篇文章介绍《使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性》，最近刚好在用DnaSP v5，在写一篇文章与大家分享一下利用DnaSP 计算Ka、Ks，即dN，dS。

第一步：打开主界面之后，在File里面读取比对好的基因核苷酸序列（DnaSP支持fatsa，phylip等多种格式）

第二步：设置编码区域与密码子。

在data这一栏里面，有一个Assign Coding Regions的选项，在这里设定一下编码区域的其实位置，如果提交的序列全是DNA序列，可以设置为从序列的起始到终止。点击后提示是否需要设置其他编码区域，可以选择否。

另外还需要设置一下使用的密码子表，这一项需要在Assign Genetic Code这一栏来选择，这里面有目前所有的密码子表。

第三步：在Analysis里面有一个选项是Synonymous and NonSynomymous Substitutions，点击这项进行Ka，Ks（即dN，dS）分析。

第四步：执行完第三步后，会出现两个结果页面，其一是pair-wise的基因Ka，Ks值得列表，例如：

另一个是以文本的形式展现的，额外还有其他的信息。