http://www.r-project.org/ R 的官方网站
http://cran.r-project.org/manuals.html R 官方文档
http://www.bioconductor.org/ R 在生物学里面的应用, 主要是芯片数据.
http://www.biosino.org/R/R-doc/ R的一些中文文档
http://cran.r-project.org/doc/Rnews/ R 的官方杂志. 里面有一些具体问题的 R 例子.
http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php R 的官方Wiki. 目前还不够完善, 有一些具体的例子说明.
http://addictedtor.free.fr/graphiques/ 一个不错R绘图的例子网站(点击"Graphics List", 就可以看到所有 R 图片的列表).
http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/all.html R在统计学方面应用最全的一个文档
http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/index.html simpleR 的官方网站,主要用于工业方面的统计分析
http://statcomp.ats.ucla.edu/R/ UCLA 的 R 资源列表
R for Beginners: 一本不错的 R 入门教材,例子比较通俗易懂. (已有中文版)
simpleR: 我早期看过的一个例子比较多的文档，个人推荐。
Using R for Data Analysis and Graphics - Introduction, Examples and Commentary: 写的通俗易懂，可操作性强，比 simpleR 略为复杂一点，个人推荐。
An Introduction to R: R 官方文档中面向一般用户的, 内容较全, 可能针对性不强，可以当手册查。 (已有中文版)
Practical Regression and Anova using R: 用 R 做回归分析，写得有点涩，需要一些数学功底。(该文档有点老)
Statistics with R: 除了 R 官方的Manual, 这个文档可能是我看到的对 R传统统计方面描述的最全面的一个.
建议
初学者学习 R 语言的文档（教材）阅读顺序可以参考如下：
R for Beginners --> simpleR / Using R --> An Introduction to R