利用BioJava获得DNA,RNA或蛋白质的成分

在BioJava中，成分表（alphabets)是标记（symbol)的集合。（例如，DNA就是一种成分表，其中a,c,g,t是标记，DNA是这四种标记的集合。相似地，RNA由a,c,g,u四种标记组成，蛋白质由二十种氨基酸标记组成。 －－译者注）。普通的生物成分表（DNA，RNA，蛋白质等等）由BioJava的AlphabetManager负责初始化和注册，可以通过名字进行访问。DNA，RNA，蛋白质成分表也可以分别通过DNATools,RNATools和ProteinTools的静态方法方便地访问。这两种方法在下面的例子中都有使用：

[code lang="java"]
import org.biojava.bio.symbol.*;

import java.util.*;

import org.biojava.bio.seq.*;

public class AlphabetExample{

public static void main(String[] args){

Alphabet dna, rna, prot;

// 使用名字来创建DNA成分表

dna = AlphabetManager.alphabetForName("DNA");

// 使用名字来创建RNA成分表

rna = AlphabetManager.alphabetForName("RNA");

// 使用名字来创建蛋白质成分表

prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN");

// 创建包含*终止标记的蛋白质成分表

prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN-TERM");

// 从Tools类中创建这些成分表

dna = DNATools.getDNA();

rna = RNATools.getRNA();

prot = ProteinTools.getAlphabet();

// 或创建含有终止标记的蛋白质成分表( 注意getAlphabet()和getTAlphabet() )

prot = ProteinTools.getTAlphabet();

}

}
[/code]