1、 -p Program Name [String]
该参数p代表的是“program”，用来选择程序。其包含五个选项：
blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx。
(1) -p blastp：用蛋白质序列搜索蛋白质序列库
(2) -p blastn：用核酸序列搜索核酸库
(3) -p blastx：核酸序列对蛋白质库的比对，核酸序列在比对之前自动按照六个读码框翻译成蛋白质序列
(4) -p tblastn：蛋白质序列对核酸库的比对，核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索
(5) -p tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白质质级别的比对，两者都在搜索之前翻译成为蛋白质质进行比对
2、 -i Query File [File In] (default = stdin)
用于搜索数据库的查询 (query)文件，默认的是名为stdin的文件
3、-d Database name [String]
选择待搜索的数据库，可以选择多个数据库 例如： -d “nr.fasta est.fasta”
4、-o output file name [File Out] (default = stdout)
输出文件的名称，默认值为stdout
5、 -e Expected value [Real] (default = 10.0)
期望值，这一参数控制搜索的灵敏度 (search sensitivity)，可以输入整数(如100)，分数 (如1/100)，小数 (如0.001)或是指数 (如5e-5)，默认值是10.0。
例：分别使用e值为0.1和0.01的两种情况下，用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS- box基因核酸序列库中搜索同源基因。
6、 -m Specifies alignment view (default = 0)
设定搜索结果的显示格式，m参数的选项有12个
-m 0：默认参数，显示query和subject两两比对的信息
-m 1：显示query在所有subjects上的定位信息，并显示一致性比对信息，subject之间不同的碱基/氨基酸会被标出
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 1”
-m 2：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示一致性比对信息，subject之间不同的碱基/氨基酸会被标出
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 2”
-m 3：显示query在所有subjects的定位和一致性比对信息，不显示subjects之间的差异
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 3”
-m 4：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示一致性比对信息，不显示subjects之间的差异
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 4”
-m 5：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示每个碱基/氨基酸的比对信息，补充“-”比对区域，subjects之间不同的碱基/氨基酸会被标出
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 5”
-m 6：显示query在所有subjects上的定位信息但是不显示每个碱基/氨基酸的比对信息，补充“-”对齐比对区域，不显示subjects之间的差异
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 6”
-m 7：输出XML格式的blast结果
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 7”
-m 8：用列表格式显示比对结果。从左到右各列的意义依次是：query名， subject名，一致性百分数，比对长度，错配数，空位数，query比对起始位 点和终止位点，subject比对起始位点和终止位点，期望值，比对得分
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 8”
-m 9：用带有注释行的列表格式显示比对结果，格式与-m 8一样，只是在每 个query的必读结果前面加了注释行用于说明列表中各列的意义
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。 命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 9”
-m 10：输出文件为ASN格式的文本文件
例：用水稻的OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因。
命令“blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D1.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-47_m1.out -F F -e 1e-47 -m 10”
-m 11：输出文件为二进制文件
7、-F Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String] (default = T) 用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的参数，有T和F两个选项，选择“T”，则程序在比对过程中会屏蔽掉query序列中的简单重复和低复杂度序列；选择“F”则不会屏蔽。默认值是“T”
8、-I Show GI's in deflines [T/F] default = F 提示行显示GI number, 默认不显示 例：
-I F (default): ref|NP_001005339.1| Regulator of G-protein ...
-I T: gi|52694755|ref|NP_001005339.1| Regulator of G-protein ...
9、-G Cost to open a gap (zero invokes default behavior) [Integer] (default = 0)
起始空位罚分
例：分别设定G为12和10用拟南芥的AP3基因的蛋白质序列在水稻MADS-box基因蛋白质序列库 中搜索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_G12.out -e 5e-30 -G 12”
2) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_G12.out -e 5e-30 -G 10”
10、-E Cost to extend a gap [Integer] (default = 0)
空位延伸罚分
例：分别设定E为1和2用拟南芥的AP3基因的蛋白质序列在水稻MADS-box基因蛋白质序列库中 搜索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_G12.out -e 5e-30 -E 1”
2) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_G12.out -e 5e-30 -E 2”
11、-q Penalty for a nucleotide mismatch (blastn only) [Integer] (default = -3) 在用blastn程序搜索序列时，设定核酸错配的罚分，默认值是-3
例：分别设定q为-4和-2用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜 索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_q-4_Ff.out -e 0.1 -F F -q -4”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_q-2_Ff.out -e 0.1 -F F -q -2”
12、-r Reward for a nucleotide match (blastn only) [Integer] (default = 1) 在用blastn程序搜索序列时，比对上的每个核酸位点的得分，默认值是1
例：分别设定r为2和3用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜 索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_r2_Ff.out -e 0.1 -F F -r 2”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_r2_Ff.out -e 0.1 -F F -r 3”
13、-v Number of database sequences to show one-line descriptions for (V) [Integer] (default = 500)
设定输出文件中，匹配列表最多显示多少个subject，默认值为500
例：分别设定v为5和2用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜 索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_v5_Ff.out -e 0.1 -F F -v 5”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_v5_Ff.out -e 0.1 -F F -v 2”
14、-b Number of database sequence to show alignments for (B) [Integer] (default = 250)
设定输出文件中，最多显示多少个query-subject两两比对文本描述，默认值 为250
例：分别设定b为1和3用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜 索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_b3_Ff.out -e 0.1 -F F -b 1”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_e0.1_v5_Ff.out -e 0.1 -F F –b 3”
15、-f Threshold for extending word hits, blastp 11, blastx 12, tblastn 13, tblastx 13, [Integer] default = 0
设定延伸字长 (word) 的阈值
选自Thomas Madden幻灯片BLAST Programming
15、-f Threshold for extending word hits, blastp 11, blastx 12, tblastn 13, tblastx 13, [Integer] default = 0
设定延伸字长 (word) 的阈值 例：分别设定f为13和14用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中 搜索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_W13.out -d OsMADS_D.txt -F F -W 13”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_W13.out -d OsMADS_D.txt -F F -W 14”
16、-g Perfom gapped alignment (not available with tblastx) [T/F] (default = T)
执行空位比对 (tblastx程序不能使用此参数)，默认值为T 例：分别设定g为T和F用拟南芥的AP3基因的蛋白质序列在水稻MADS-box基因蛋白质序列库 中搜索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30 Ff.out -e 5e-30 -F F -g T”
2) “blastall -p blastp -i AtAP3_.Ptxt -d OsMADS_.Ptxt -o OsAP3_blastp_5e-30 Ff.out -e 5e-30 -F F -g F”
17、-Q Genetic code for translation of the query sequence [Integer] (default = 0)
运用blastx和tblastx程序时，设定进行翻译query序列的遗传密码类型，默认 值是0
18、-D Genetic code for translation of the database [Integer] (default = 0)
运用tblastx和tblastn程序时，设定用于翻译数据库中核酸序列的遗传密码类 型，默认值是0
19、-a Number of processors to use [Integer] (default = 1)
设定搜索过程中要用到的处理器的数目，取决于可使用的CPU或是处理器的 数目，默认值为1
20、-J Believe the query defline, [T/F] default = F
显示query的defline
21、-O Saves SeqAlign output to specified file [File out]
输出SeqAlign文件，该文件可以利用blast_demo程序将搜索结果转换为多种 格式
22、-M Matrix [String] (default = BLOSUM62)
指定蛋白质比对的打分矩阵，默认为BLOSUM62
例：分别设定M为BLOSUM80和PAM30用拟南芥的AP3基因的蛋白质序列在水稻MADS-box基
因蛋白质序列库中搜索同源基因 命令：
1) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_Ff_blosum80.out -e 5e-30 -F F -M BLOSUM80”
2) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_Ff_blosum80.out -e 5e-30 -F F -M PAM30”
23、-W Word size (blastn 11, megablast 28, all others 3) [Integer] (default = 0)
设定字长大小，默认值为0， blastn为11， megablast 为28，其他为3 例：分别设定W为13和14用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因的核酸序列库 中搜索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_W13.out -d OsMADS_D.txt -F F -W 13”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_W13.out -d OsMADS_D.txt -F F -W 14”
24、-z Effective length of the database (use zero for the real size) [Real] (default = 0)
指定数据库的有效长度，默认值0代表数据库的实际长度；当输入数值时，
BLAST将根据该数值计算E值
例：分别设定z为默认值和5000用拟南芥AP3基因的蛋白质序列在水稻MADS-box基因蛋白质序列 库中搜索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_Ff_z5000.out -d OsMADS_P.txt -e 5e-30 -F F ”
2) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -o OsAP3_blastp_5e-30_Ff_z5000.out -d OsMADS_P.txt -e 5e-30 -F F -z 5000”
25、-K Number of best hits from a region to keep. Off by default.
If used a value of 100 is recommended. Very high values of -v or -b is also suggested [Integer]
指定query的一段区域所需保持最佳匹配的数目
例：分别设定K为100和2，用拟南芥的AP3基因的核酸序列借助tblastx子程序在水稻MADS-box
基因核酸序列库中搜索同源基因 命令：
1) “blastall -p tblastx -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_tblastx_Ff_e-29_K100.out -F F -e 1e-29 -K 100”
2) “blastall -p tblastx -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_tblastx_Ff_e-29_K100.out -F F -e 1e-29 -K 2”
26、-P 0 for multiple hit, 1 for single hit (does not apply to blastn) [Integer] (default = 0)
单字长匹配与多字长匹配的转换，默认为多字长匹配，1为单字长匹配
26、-P 0 for multiple hit, 1 for single hit (does not apply to blastn) [Integer] (default = 0)
单字长匹配与多字长匹配的转换，默认为多字长匹配，1为单字长匹配
例：分别设定P为0和1，用拟南芥AP3基因的核酸序列借助tblastx子程序在水稻MADS-box基 因核酸序列库中搜索同源基因
命令：
1) “blastall -p tblastx -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_tblastx_Ff_e-29_P0.out -F F -e 1e-29 -P 0”
27、-Y Effective length of the search space (use zero for the real size) [Real] (default = 0)
搜索空间的有效长度，默认值0代表数据库实际的有效长度，为有效query
长度与有效数据库长度之积。
例：分别设定g为Y为106和104，用拟南芥AP3基因的核酸序列借助tblastx子程序在水稻MADS-box
基因核酸序列库中搜索同源基因 命令：
1) “blastall -p tblastx -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_tblastx_Ff_e-29_Y106.out -F F -Y 1000000 -e 1e-29”
2) “blastall -p tblastx -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_tblastx_Ff_e-29_Y106.out -F F -Y 10000 -e 1e-29”
28、-S Query strands to search against database (for blast[nx], and tblastx) 3 is both, 1 is top, 2 is bottom [Integer] (default = 3)
指定用query的哪一条核酸链进行搜索，只用于 blastn, blastx, and tblastx, 1 表 示输入的序列, 2 表示反向互补序列, 3 表示两种都包括
例：分别设定S为1和2用拟南芥的AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜 索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_S1.out -d OsMADS_D.txt -F F -S 1”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_S1.out -d OsMADS_D.txt -F F -S 2”
29、-T Produce HTML output [T/F] (default = F)
输出HTML 格式文件
例：用拟南芥的AP3基因的蛋白质序列在水稻MADS-box基因蛋白质序列库中搜索同源基因， 设定参数T为T，使输出结果为HTML格式。
命令：“blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_S2_TT.out -dOsMADS_D.txt -F F -S 2 -T T”
30、-l Restrict search of database to list of GI's [String]
将搜索时使用的数据库限制在输入文件中GIs所限制的子集内，仅用于 对NCBI数据库的搜索
31、-U Use lower case filtering of FASTA sequence [T/F]
将query中小写字母格式的序列屏蔽，该功能可以滤除FASTA格式序列中的 小写字母 (在蛋白质序列中，一些不准确区域通常用小写字母表示)
32、-y X dropoff value for ungapped extensions in bits, blastn 20, megablast 10, all others 7 [Real] (default = 0)
非空位延伸下降的域值，y值越小，则延伸越短
Drop-off score = Highest score – current score
33、-X Specifies X dropoff value for gapped alignment (in bits) [Integer] (default = 0)
34、-Z X dropoff value for final gapped alignment in bits, blastn/megablast 100, tblastx 0, all others 25 [Integer] (default = 0)
设定最终空位比对的下降值
35、-R PSI-TBLASTN checkpoint file [File In], Uses a PSI- TBLASTN checkpoint file as the scoring matrix
使用PSI-TBLASTN checkpoint文件为打分矩阵
36、-n MegaBlast search [T/F] (default = F) 激活blastn中的MEGABLAST算法 例：分别设定n为F和T用水稻OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜
索同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-39_nF.out -e 1e-39 -F F”
2) “blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_e-39_nT.out -e 1e-39 -F F -n T”
37、-L Location on query sequence [String]
指定用query的某一段序列进行搜索
例：分别设定L为”91-300”和”181-300”用拟南芥的AP3基因的蛋白质序列在水稻MADS-box
基因蛋白质序列库中搜索同源基因 命令：
1) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_Ff_L181-300.out -F F -L “181,300"”
2) “blastall -p blastp -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastp_Ff_L181-300.out -F F -L “91,300"”
38、-A Multiple Hits window size, (blastn/megablast 0, all others
40 [Integer] (default = 0) 指定多字长匹配的窗口大小，窗口越大，BLAST搜索的灵敏度越高 例：分别设定A为2和20用水稻OsMADS6基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中
搜索同源基因命令：
1) “blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_nF.out -F F -A 2”
2) “blastall -p blastn -i OsMADS6_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsMADS6_blastn_Ff_nF.out -F F -A 20”
39、-w Frame shift penalty (OOF algorithm for blastx) [Integer] (default = 0)
设定移码的罚分
例：分别设定w为6和10用拟南芥的AP3基因的核酸序列，借助blastx子程序在水稻MADS-box
基因蛋白质序列库中搜索同源基因 命令：
1) “blastall -p blastx -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastx_Ff_e-30_w6.out -F F -e 1e-30 -w 6”
2) “blastall -p blastx -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_P.txt -o OsAP3_blastx_Ff_e-30_w6.out -F F -e 1e-30 -w 10”
40、-t Length of the largest intron allowed in a translated nucleotide sequence when linking multiple distinct alignments [Integer] (default = 0)
设定在tblastn过程中，连接多个不同比对片段时所允许的内含子长度的最大值
41、-B Number of concatenated queries, for blastn and tblastn
[Integer] (default = 0)
指定搜索过程中，query文件中相连接的序列数
42、-V Force use of the legacy BLAST engine [T/F] (default = F) 强制使用旧版搜索引擎，在使用参数B时，V参数必须设为F 例：分别设定V为T和F用拟南芥AP3基因的核酸序列在水稻MADS-box基因核酸序列库中搜索 同源基因
命令：
1) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_Vt.out -F F -V T”
2) “blastall -p blastn -i AtAP3_D.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_blastn_Ff_Vf.out -F F -V F”
43、-C Uses composition-based statistics for tblastn
在运用tblastn子程序时，采用基于成分的统计分析方法
例：分别设定C为1和2用拟南芥的AP3基因的蛋白质序列，借助tblastn子程序在水稻MADS-
box基因核酸序列库中搜索同源基因 命令：
1) “blastall -p tblastn -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_tblastn_Ff_e-24_X1.out -F F -e 1e-24 -C 1”
2) “blastall -p tblastn -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_D.txt -o OsAP3_tblastn_Ff_e-24_X1.out -F F -e 1e-24 -C 2”
44、-s Compute locally optimal Smith-Waterman alignments (This option is only available for gapped tblastn.) [T/F] (default = F)
计算局部最佳的Smith-Waterman比对
例：分别设定s为F和T，用拟南芥AP3基因蛋白质序列的61-180区段，借助tblastn子程序在水稻
MADS-box基因核酸序列库中搜索同源基因 命令：
1) “blastall -p tblastn -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_D.txt -o AtAP3_tblastn_Ff_sF_L61-180.out -F F -L "61,180"”
2) “blastall -p tblastn -i AtAP3_P.txt -d OsMADS_D.txt -o AtAP3_tblastn_Ff_sF_L61-180.out -F F -L ”61,180“ -s T”