转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应 用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使 能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同 时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及 cSNP（编码序列单核苷 酸多态性），提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对 已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高 的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
技术优势：
- 数字化信号：直接测定每个转录本片段序列，单核苷酸分辨率的精确度，同时不存在传统微 阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
- 高灵敏度：能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。
- 任意物种的全基因组分析：无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直 接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并精确地识别可 变剪切位点及 cSNP，UTR 区域。
- 更广的检测范围：高于 6 个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常 转录本。
应用领域：
转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、 编码区 SNP 研究），非编码区域功能研究（Non-coding RNA 研究、microRNA 前体研究等）， 基因表达水平研究以及全新转录本发现。
图 1 RNA-seq 获得的数据能够进行全面的数据挖掘，既能够进行基因结构分析，鉴定 UTR、可 变剪切位点，也能够发现新的转录本及非编码 RNA，比较样本间的表达水平差异