1. 测序深度需要达到多少？
当测序深度为6×时，对目标区域的覆盖度可达90%，深度为20×时，reads对外显子区域的覆盖已接近饱和。此时再提高测序深度，对覆盖度的贡献极小，但是能够增加检测SNPs准确性和发现潜在稀有致病变异位点。所以可根据实验的目标和经费选择合适的测序深度。
2. 能否只对基因组上某段特定区域进行测序呢？
可制定感兴趣基因组区域的探针，富集目标基因区域的DNA后再利用新一代测序技术平台测序。
3. 与全基因组测序相比，外显子测序有哪些优势和不足？
与全基因组测序相比，外显子测序具有测序覆盖度更深、数据准确性更高、花费成本更低等优势。结合公共数据库提供的大量外显子的数据，测序数据能更好的解释研究的结果。其不足之处是只能获得外显子区域内部或边界的变异信息，不能检测到基因组内较大的结构性变异。
4. 与转录组测序相比，外显子测序有什么不同？
外显子测序和转录组测序都是针对基因组上的转录区域进行测序，但是前者只能对已知基因组序列信息的物种进行测序，而后者却不限于此。
因此，两者在分析上也存在一定的差异：
① 分析的目标区域有所不同。外显子测序只能分析基因组上的已知编码区，而转录组测序不仅能对已知编码区进行分析，也能检测Non coding RNA 等转录组信息。
② 分析的手段有所不同。外显子测序只需将测序数据比对到基因组上，分析序列的差异，而转录组测序既可以进行mapping，也可以进行从头拼接。
③ 获得的结果有所不同。外显子测序通过比对，可以获得已知序列的变异信息，而转录组测序不仅能够获得变异信息，还能进行新的转录本的检测、mRNA的可变剪接检测、表达谱分析等。
5. 目标区域捕获测序能否进行基因分型分析？
基因分型（Genotyping）是利用生物学检测方法对个体基因型进行测定的技术。以往常用的方法包括：PCR扩增、DNA测序、探针法、核酸杂交、基因芯片技术等。目标区域捕获测序凭借高数据通量，多样本平行测序等特点，能够为基因分型提供一个更加快捷的检测手段。首先在每个样品序列中加入一个标签（Barcode）以区分不同的样品，然后进行目标区域捕获测序。在生物信息分析中，根据Barcode信息将测序数据回归每个样品后，从序列中去除该信息，然后对样品进行比对分析，检测基因分型。与以往的方法相比，采用高通量测序技术进行基因分析，成本要低得多。
来源：http://meeting.dxy.cn/majorbio2011/article/i14646.html