前面《DAVID使用说明文档（1）》中已经对DAVID做了一个简单的介绍，包括DAVID的简介以及其中的使用工具。下面介绍一下DAVID使用步骤：
1、向DAVID网站提交一个基因列表。
首先登录到网站http://david.abcc.ncifcrf.gov/ 的首页（见图9）。点击页面顶端的“Start Analysis”在弹出页面的左边有一个面板“Gene List Manager”，在该面板的“upload”标签下提交基因列表（基因列表的格式为每行一个基因或者行内的多个基因以逗号分隔，可以将基因列表黏贴到输入窗口或者以文件形式上传）；接着选取输入基因列表的ID类型；最后确定列表的类型，是基因列表还是作为背景文件。点击use，进入分析。
图9 网站首页
上传的数据可以供所有的分析模块共享，而不需要重复上传。基因列表文件可以选取如图10中所示的Demolist1 和 Demolist2。本文中使用DAVID提供的Demolist1作为基因列表。附件一是人的血瘀和正常样品之间的显著差异表达基因列表，可供使用。
如果你要做的是全基因组背景或者是接近全基因组背景的研究，就不需要上传那个背景文件，网站会自动根据上传的基因列表类型，选择对应物种的所有基因作为背景文件。如果你要自己设定背景，也可以在“upload”标签中上传，然后在“Background”标签中选定所需的列表作为背景。本文中选取默认的背景文件，即人的全基因作为背景。
图10 上传数据窗口
在“List”标签中，可以看到所有上传的列表。在图11所示的右侧中，选择分析项。
图11 Lsit标签和分析工具选择窗口
（1）选择Gene Name Batch Viewer这项分析，弹出的窗口显示分析结果，即基因ID和对应的基因名称、相关基因以及所属物种。用户可以据此初步判断，列表中是否含有感兴趣的基因（见图12）。Species栏指向物种相关的ncbi信息网页。
图12 Gene Name Batch Viewer分析结果
点击Related Genes栏中的 RG，将会出现跟该行基因功能相关的基因列表，如图13所示的结果。
图13 功能相关基因列表
（2）选择“Gene ID Conversion Tool”这项分析工具，在弹出窗口（见图14）中，选择目的标识类型，然后点击“Submit to Conversion Tool”，弹出结果窗口，详细说明见图15。（参照网页http://david.abcc.ncifcrf.gov/helps/conversion.html#result）
图14 Gene ID Conversion Tool窗口
图15 Gene ID Conversion Tool结果说明文件
（3）选择“Gene Functional Classification”这项分析工具， 弹出的结果和具体说明见图16（具体说明参照网页http://david.abcc.ncifcrf.gov/helps/functional_classification.html#textmode）。
图16 Gene Functional Classfication
（3）选择“Functional Annotation Tool”这项分析工具,会弹出图17所示窗口（具体说明参照http://david.abcc.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#summary）。
图17 Functional Annotation Tool界面
点击页面底部的三个选项“Functional Annotation Clustering”、“Functional Annotation Chart”、“Functional Annotation Table”:
- 选择Functional Annotation Clustering这一项分析，可以对被注释上的Terms做聚类，弹出结果见图18，图中绿色的图标可以显示2-D view热图（详见之前提到）。
图18 Functional Annotation Clustering分析结果
- 选择“Functional Annotation Chart“这一项分析，可以实现Terms的富集分析。结果见图19（具体说明见网页http://david.abcc.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#E3）。
图19 Functional Annotation Chart结果展示
- 选择“Functional Annotation Table “这项分析，可以实现对基因的所有选定数据库注释。具体结果见图20。
图20 Functional Annotation Table页面解说
参考文献：
Systematic and Integrative Analysis of Large Gene Lists Using DAVID Bioinformatics Resources 发表在Nature Protocols。
感谢@生物信息-小郑 在生物信息学QQ群（235461986）提供资料。