python里的matplotlib是一个很强大的绘图软件包。可以绘制类似matlab和R软件效果的图样。这几天尝试着从原始数据得到一个热度图。就用了这个软件包。效果还好。虽然软件很庞大很复杂，但是遇到的各种问题都还能比较好地解决。最后得到了我想要的结果。
代码如下：
[code lang="python"]
#!/usr/bin/python
import numpy as NP
A = NP.array([
[6.55,6.76,7.32,5.6,5.94,],
[0.01,0.01,0.04,0.02,0.11,],
[6.45,6.29,4.34,4.57,7.15,],
[8.73,10.67,6.9,8.25,8.53,],
[0.03,0.01,0.05,0.01,0.07,],
[1.36,1.41,0.8,0.98,1.36,],
[0,0,0,0,0.01,],
[2.09,2.93,1.94,1.96,3.56,],
[3.61,3.37,2.62,6.99,4.6,],
[6.08,7.04,4.72,4.78,7.2,],
[1.67,0.92,0.62,3.87,0.75,],
[0.01,0,0,0.11,0.18,],
[0.03,0,0.13,0.03,0.24,],
[1.66,1.8,1.81,1.81,2.12,],
[3.37,3.48,4.39,3.02,3.2,],
[4.77,4.91,8.62,5.35,4.68,],
[7.58,7.9,3.02,7.57,8.15,],
[7.59,7.79,9.92,8.17,7.61,],
[3.59,3.46,2.54,2.99,2.68,],
[2.51,3.82,4.57,2.56,3.19,],
[1.74,2.38,5.4,2.05,2.24,],
[4.71,3.05,5.12,2.73,4.18,],
[0.85,0.93,2.47,0.83,1.12,],
[11.62,12.01,10.43,12.49,12.42,],
[13.4,9.06,12.24,13.26,8.71,],
])
from matplotlib import pyplot as PLT
from matplotlib import cm as CM
from matplotlib import axes
# 设定一个图像，背景为白色。
fig = PLT.figure(facecolor='w')
#注意位置坐标，数字表示的是坐标的比例
ax1 = fig.add_subplot(2,1,1,position=[0.1,0.15,0.9,0.8])
#注意标记旋转的角度
ax1.set_xticklabels(['','A','B','C','D','E'], range(6), rotation=-45 )
# select the color map
#可以有多种选择，这里我最终选择的是spectral，那个1000是热度标尺被分隔成多少块，数字越多，颜色区分越细致。
#cmap = CM.get_cmap('RdYlBu_r', 1000)
#cmap = CM.get_cmap('rainbow', 1000)
cmap = CM.get_cmap('spectral', 1000)
# map the colors/shades to your data
#那个vmin和vmax是数据矩阵中的最大和最小值。这个范围要与数据的范围相协调。
#那个aspect参数，对确定图形在整个图中的位置和大小有关系。上面的add_subplot中的position参数的数值要想有作用，这里的这个参数一定要选auto。
map = ax1.imshow(A, interpolation="nearest", cmap=cmap,aspect='auto', vmin=0,vmax=15)
#shrink是标尺缩小的比例
cb = PLT.colorbar(mappable=map, cax=None, ax=None,shrink=0.5)
cb.set_label('(%)')
# plot it
PLT.show()
[/code]
剩下一些比较简单的图形调整问题，就用gimp来搞定了。这些尚不能解决的问题包括：
1）纵坐标是每隔5行才出现一个数字。我想调成每行都显示，但是yticklabel里找了半天不知道怎么弄。
2）纵坐标在左边，不知道如何改到右边去。
3）不知道如何修改热度区间的位置，比如想把他挪到整个图形的最右上角去。
4）坐标的标签是一个数组，但是很奇怪第一个一定要是空的来占一个位置。不知道是为什么。
5）热度图的label（那个带括号的百分号符）不知道怎样改变方向。
原文来自：http://ribozyme.i.sohu.com/blog/view/182128700.htm，有兴趣的欢迎加入BioASK 讨论