转录组测序和数字表达谱测序相比，主要有如下不同：
第一，测序目标不同。
转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA，而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列（21 bp）；
第二，代表性不同。
数字表达谱测序只测定21bp序列，而转录组测序测定转录本全长，因而可以更准确地代表样品转录表达情况；
第三，应用范围不同。
转录组测序应用范围广泛，不仅可以检测表达量差异，而且可以发现新的转录本和可变剪切等。而表达谱测序只能粗略检测表达量差异，不能反映基因转录表达的特点和规律；
第四，参考序列要求不同。
转录组测序不仅可以适用于基因组序列已知的物种，而且也适用于基因组序列未知的物种。而表达谱测序只适用于基因组序列已知的物种。