SAM格式-Bowtie2（简要介绍）

2，行、列、注释说明：

注释：以@开头的行

行：除注释外，每一行是一个read

列：

第一列：read name，read的名字通常包括测序平台等信息

eg.ILLUMINA-379DBF:1:1:3445:946#0/1

第二列：sum of flags，为flag的总和（整数）,flag取值见备注(3)

eg.16

第三列：RNAM，reference sequence name，实际上就是比对到参考序列上的染色体号。若是无法比对，则是*

eg.chr1

第四列：position，read比对到参考序列上，第一个碱基所在的位置。若是无法比对，则是0

eg.36576599

第五列：Mapping quality，比对的质量分数，越高说明该read比对到参考基因组上的位置越唯一。

eg.42

第六列：CIGAR值，碱基匹配上的碱基数。match/mismatch、insertion、deletion 对应字母 M、I、D

eg.36M 表示36个碱基在比对时完全匹配

注：第七列到第九列是mate(备注1)的信息，若是单末端测序这几列均无意义。

第七列：MRNM(chr)，mate的reference sequence name，实际上就是mate比对到的染色体号，若是没有mate，则是*

eg.*

第八列：mate position，mate比对到参考序列上的第一个碱基位置，若无mate,则为0

eg.0

第九列：ISIZE，Inferred fragment size.详见Illumina中paired end sequencing 和 mate pair sequencing，是负数，推测应该是两条read之间的间隔(待查证)，若无mate则为0

eg.0

第十列：Sequence，就是read的碱基序列，如果是比对到互补链上则对read进行了reverse completed

eg.CGTTTCTGTGGGTGATGGGCCTGAGGGGCGTTCTCN

第十一列：ASCII，read质量的ASCII编码。

eg.PY[[YY_______________QQQQbILKIGEFGKB

第十二列之后：Optional fields，以tab建分割。详见备注(2)

eg.AS:i:-1 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:35T0 YT:Z:UU

扩展：

3，应用举例：

SAM文件可以作为很多后续分析的源文件，也可以从其中提取感兴趣的信息。