1，简介：
文件后缀名:.sam
Bismark是一种基于Bowtie的分析BS-Seq(一种甲基化测序方法)数据的软件，包括read mapping和methylation calling。其中read mapping这一步就产生SAM文件；SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息。
2，行、列、注释说明：
注释：以@开头的行
行：除注释外，每一行是一个read
列：
注：第一列到第十一列的信息与Bowtie产生的SAM文件（备注(2)）大致相同，只有第6列不同：
Bismark还报道了次佳的比对。eg.71M1I13M
第十二列：NM-tag，与bowtie中NM:i相同。read string转换成reference string需要的最少核苷酸的edits:插入/缺失/替换
eg.NM:i:13
第十三列：XX-tag，对错配的描述，不包括indel(插入和缺失)
eg.XX:Z:2C4C2C6C1C1AC18C3C15C4C2CC14
表示2个碱基完全匹配，一个C替换，接着4个碱基完全匹配，一个C发生替换......
第十四列：XM-tag，methylation call string（备注（1））。
eg.XM:Z:..h....h..h......h.h..x......................x...............x....h..hx..............
第十五列：XR-tag，read conversion state for the alignment 。
共两种转换：CT和GA，GA就是指将read里的所有G转换成A
eg.XR:Z:CT
第十六列：XG-tag，genome conversion state for the alignment。
共两种：GA和CT。CT是指将全基因组上所有的C转换成T
eg.XG:Z:CT
3，应用举例：
SAM文件可以作为很多后续分析（如methylKit）的源文件，也可以从其中提取感兴趣的信息。
4，备注：
（1）methylation call string：
X:CHG上的C发生了甲基化
x:CHG上的C未发生甲基化
H:CHH上的C发生了甲基化
h:CHH上的C未发生甲基化
Z:CpG上的C发生了甲基化
z :CpG上的C未发生甲基化
. 不包含胞嘧啶的碱基(针对基因组序列)
（2）SAM格式-Bowtie2
请在本站搜索 SAM格式-Bowtie2，或者进入我的博客
http://wangxinyuhs.blog.163.com/blog/static/1836600462013419104847962/
5，参考文献
Bismark用户手册 http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/Bismark_User_Guide_v0.7.12.pdf
Bismark文献 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/11/1571.short
bowtie2_manual http://computing.bio.cam.ac.uk/local/doc/bowtie2.html