bwa和samtools的安装

BWA的安装
1.下载BWA
[code lang="bash"]wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./[/code]
2.解压
[code lang="bash"] tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2[/code]
3.编译
[code lang="bash"]
cd bwa-0.5.9rc1
make
[/code]

Samtool安裝
1.下载Samtool
[code lang="bash"] wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2/download ./[/code]
2.解压Samtool
[code lang="bash"] tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2[/code]
3.安装
[code lang="bash"]
cd samtools-0.1.13
make
[/code]
之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH
[code lang="bash"]
cd
vi .bash_profile
[/code]
在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径，保存退出。

重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了

祝你好运！