formatdb - 得到 formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍，它可以根据我们的想法把源数据库格式化.
主要参数的说明:
-i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional
-p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库
T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T
-a 输入数据库的格式是 ASN.1（否则是 FASTA）
T - True, F - False. [T/F] Optional default = F
-o 解析选项
T - True: 解析序列标识并且建立目录
F - False: 与上相反
[T/F] Optional default = F
命令示例:
formatdb -i ecoli.nt -p F -o T
运行此命令就会在当前目录下产生用于 BLAST 搜索的 7 个文件，一旦如上的 formatdb 命令执行完毕，就不再需要ecoli.nt，可以移除。此时，blastall 可以直接使用。