从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及，这里是一篇入门级的介绍文章。
hmmer下载与安装
- 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：
# wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz# tar zxf hmmer-3.0.tar.gz# cd hmmer-3.0# ./configure# make# make check
- 对于windows系统，直接下载二进制压缩包，解压就可以使用，下载地址：
http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip
hmmer包含的程序
- phmmer： 与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；
phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
- jackhmmer： 与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；
jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
- hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；
- hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；
- hmmscan： 使用序列搜索HMM库；
- hmmalign： 使用HMM为线索，构建多重比对序列；
hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa
- hmmconvert： 转换HMM格式
- hmmemit： 从HMM模型中，得到一个模式序列；
- hmmfetch： 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；
- hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；
- hmmstat： 显示HMM数据库的统计信息；
使用HMM模型搜索序列数据库
- 使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：
hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
globins4.hmm为输出的HMM模型
- 使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库，蛋白质序列数据库为FASTA格式，命令如下：
hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out
globins4.out为输出的结果文件，如下：
使用蛋白质序列搜索HMM数据库
- 构建HMM数据库，HMM数据库是包含多个HMM模型的文件，可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载，也可以自己由多重比对序列集中构建，如：
hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.stohmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.stohmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.stocat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm minifam
- 使用hmmpress格式化数据库，包括压缩以及创建索引，命令如下：
hmmpress minifam
这个步骤可以很快的执行完成，输出的内容如下：
Working… done.
Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).
Models pressed into binary file: minifam.h3m
SSI index for binary model file: minifam.h3i
Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f
Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p
- 使用hmmscan搜索HMM数据库，命令如下：
hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME
输出如下：
这里主要是一个入门式的教程，介绍了hmmer的安装，以及最常用功能使用的命令示例。其他程序的使用，以及每个程序的详细参数说明，请参看官方手册，官方文档手册（pdf）：ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf