构建批量蛋白质结构域鉴定的分析平台，可以使用hmmscan(hmmer3)、hhsearch、InterProScan等，这里主要介绍hmmscan与hhsearch。
hmmscan
hmmscan是hmmer3的一个程序，关于hmmer3的安装请参看《hmmer的安装与使用》，其将输入的蛋白质序列与HMM结构域库进行比对，返回每个蛋白质包含的结构域。命令如下：
hmmscan [options] <hmmdb> <seqfile>
hmmdb为hmm结构域数据库，其实质为包含N个HMM模型的文件，经过hmmpress格式化后，就可以供hmmscan使用。hmmpress也是hmmer3下面的一个程序。seqfile为输入的蛋白质序列，默认为fasta格式。
hmmscan还有很多参数可供使用，包括控制输出的参数，比如-o, 将比对结果输出到指定文件，通过指定E-value, bit score控制搜索结果，–cpu指定使用的cpu数目，–qformat指定输入蛋白质序列的格式等，可以使用-h参数参看参数帮助说明。
hhsearch
hhsearch是基于HMM-HMM comparison算法实现的，鉴定蛋白质包含的结构域的命令行软件包，在linux、windows下都有相应的软件包发布。其在线版的名称为HHpred。其首先根据输入的蛋白质序列构建hmm模型，再用这个模型与库中的hmm模型进行比对。
HHsearch is a software suite for detecting remote homologues of proteins and generating highquality alignments for homology modeling and function prediction.
hhsearch构建的hmm模型格式为hhm格式，要注意与hmmer中hmm格式的区别。
下载地址：ftp://ftp.tuebingen.mpg.de/pub/protevo/HHsearch/
主要程序：
- hhmake 通过多重比对序列构建HMM模型
- hhsearch 执行数据库搜索
- hhalign 比对两个HMMs模型或者多重比对序列MSAs
- hhfilter 过滤多重比对序列，Filter MSA by maximum sequence identity, coverage, etc.
- 还有一组pl脚本，供格式转换等数据处理使用。
可以通过FTP下载许多供搜索的数据库，包括：
- pdb70 based on PDB, updated weekly
- scop70 based on SCOP, updated with SCOP
- PfamA http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/
- SMART http://smart.embl-heidelberg.de, downloaded from NCBI site
- PfamB based on ProDom, downloaded from Pfam site
- COG http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/new
- KOG http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/new
- CD/NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
- Panther http://www.pantherdb.org, from InterPro
- TIGRFAMs http://tigrblast.tigr.org/web-hmm/, from InterPro
- PIRSF http://pir.georgetown.edu/pirsf/, from InterPro
- Superfamily http://supfam.mrc-lmb.cam.ac.uk/SUPERFAMILY, from InterPro
- CATH/Gene3D http://cathwww.biochem.ucl.ac.uk/latest, from InterPro
大致处理流程就是首先将下载的文件进行格式转换，如果是多重比对序列，使用hhmake构建hhm格式的hmm模型，将这个模型放到一个文件中，就可以使用hhsearch进行搜索了。
cd scop70_1.72pretar -xzvf scop70_1.72pre.hhm.tar.gzcat *.hhm scop70_1.72pre.hhm./hhsearch -i d1hxn__.a3m -d scop70_1.72pre.hhm
另外：对于单个蛋白质序列的分析可以使用在线的分析平台：