构建进化树可以用DNA序列，也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列进行进化树的构建步骤进行详细解析：
一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤
1. 运行Clustalw，得到protein.phy文件；
2. 运行seqboot，输入protein.phy文件，输出protein_1.outfile。R选择1000，seed number： 3，然后选择Y。将得到的protein_1.outfile改名为protein_2.infile。
3. 运行protpars，输入protein_2.infile，输出protein_2.outfile和protein_2.outtree。J选择3(seed number)，5(jumple number)，M值选择D，然后输入1000 （sets）。最后选择Y。将得到的protein_2.outtree改为protein_3.intree.
4. 运行consense，输入protein_3.intree，选择Y。得到protein_3.outfile和protein_3.outtree
到此为止，利用seqboot计算的bootstrap值已经完成，但是protein_3.outtree构建的tree没有branch length数据，无法直观的显示序列之间的差异。此时，应该利用tree-puzzle来计算branch length。http://java.com/en/download/index.jsp ）
Tree-puzzle使用说明
利用tree-puzzle计算branch length步骤：
1． Windows下，进入tree-puzzle所在src文件夹，双击Puzzle，弹出对话框，输入文件。文件为clustalW运行的protein.phy文件。
2． 然后依次选择K、W、C，输入4，最后输入Y确定。
3． 输入consense操作得到的文件protein_3.outtree。将要生成的文件改名为protein.complz。
4． 点击enter运行。
5． 将得到的consense文件protein_3.outtree和protein.complz文件同时拷出到新文件夹。
6． 利用eATV进行bootstrap和branchlength的显示，输出PDF文件。
7． 将相应的bootstrap值，算成百分比，通过Adobe illustrator 加到puzzle计算的树上。
8． Done
eATV是一个java应用程序，需要先安装java运行环境程序（http://java.com/en/download/index.jsp ）
利用DNA序列建进化树的步骤与上面大同小异，参照phylip documentation文件。（http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/phylip.html ）
这些步骤均可在windows下完成。但是如果序列较大，建议在linux系统下操作。其中protpars步骤特别耗时，经常需要过夜运行，请一定要耐心等待。祝大家顺利！
Phylip 下载：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html
Tree-puzzle下载：http://www.tree-puzzle.de/#download
eATV下载：http://www.softpedia.com/get/Science-CAD/ATV.shtml （rather small: 93kb）
原文来自：http://blog.163.com/ifanfan_1981/blog/static/4404736420104555438864/