Bootstrap，即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。
Bootstrap values （步长值）是指在你选择的遗传距离算法（一般选择邻接法即NJ法）中软件根据所比对序列得到结果 比如 bootstrap value设置为1000，即软件构建了相应的1000”棵树“，在每个节点上显示的bootstrap value 即指在这1000次建树过程中，有相应的次数的频率这个分枝内的几株菌或几段序列在进化速度上相似，一般认为节点处的bootstrap value大于500时分析结果可信，bootstrap value 在mega ,philiphy,等软件中常见。
而在SAS等软件中，简述过程相对麻烦但是 最终显示的是Identity scores 即遗传距离，或者指进化距离，同样表示了待分析菌或序列的进化关系的远近。