htseq-count是一款用于reads计数的轻便软件，作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果，而我则用于tophat2的输出文件做计数。不过貌似所有能转换为sam格式文件的输出都可以用htseq-count计数。
htseq-count的输入文件
输入为sam格式的文件，如果是paired-end数据必须按照reads名称排序（sort by name）。官方推荐了msort，不过我用起来感觉不是很方便（也可能是使用方法不当），于是我采用了samtools先对bam文件（tophat2的输出结果为bam）排序，再转换为sam。
命令：
samtools sort -n file.bam #sort bam by name samtools view -h bamfile.bam>samfile.sam
htseq-count的使用和参数
参数说明
-m 计数模型，统计reads的时候对一些比较特殊的reads定义是否计入。包括：默认的union和intersection-strict、 intersection-nonempty具体说明如图所示。
htseq-count mode -s reads是否匹配到同一条链上，默认：yes，可以设置no 、 reverse-t feature type 我理解为最小的计数单位，在gtf或者gff文件中，外显子为最小的定义单位，对基因计数，只需要将包含的外显子计数相加即可。 默认：exon
-i 最终的计数单位，一般为基因。 默认为：gene_id 也可以设置转录本，但由于模型问题，计数效果不佳。
-o 输出所有alignment的reads到一个sam文件中。可以不设置。
-q 退出程序
-h 帮助文件
原文来自：http://www.dengfeilong.com/post/htseq-count.html