当完成测序的比对工作之后，我们得到了bam/sam文件。那么，如何得到reads的统计数据呢？
这有很多途径：
1.读取日志文件。对于bowtie的日志，其中会包括如下的描述：
31991083 reads; of these: 31991083 (100.00%) were unpaired; of these: 6844445 (21.39%) aligned 0 times 18391269 (57.49%) aligned exactly 1 time 6755369 (21.12%) aligned >1 times 78.61% overall alignment rate
从中，我们就可以了解到测序文件的总reads数为31991083,其中100%是unpaired。其中，21.39%没有比对成功，有57.49%确定为一个比对位点，有21.12%有多余一处位点。
2.使用samtools查看。
这其中有许多办法。如果已经使用了samtools sort以及index命令的话，我们可以使用samtools idxstats来获取reads数。具体请参考：操作SAM/BAM文件处理。
第二种办法是通过samtools view工具加上-c 选项来实现。例如：
samtools view -c test.bam 31991083
这里需要强调的是：
“Instead of printing the alignments, only count them and print the total number.” samtools view -c 算的不是reads，而是alignments数。当read有很多位置可以align上同时又都输出了，用samtools view -c 会比实际reads树木要多～～～
by: 严云
如果我们想知道有多少是mapped,有多少是没有mapped，我们可以通过加上-F 4选项或者-f 4选项。这其实就是使用了samtools view的过滤器。在SAM文件中有很多FLAG，其中即操作SAM/BAM文件处理文中所谓的标记（第2列）。这些标记的具体描述如下：
| Flag | Chr | Description |
| 0×0001 | p | the read is paired in sequencing |
| 0×0002 | P | the read is mapped in a proper pair |
| 0×0004 | u | the query sequence itself is unmapped |
| 0×0008 | U | the mate is unmapped |
| 0×0010 | r | strand of the query (1 for reverse) |
| 0×0020 | R | strand of the mate |
| 0×0040 | 1 | the read is the first read in a pair |
| 0×0080 | 2 | the read is the second read in a pair |
| 0×0100 | s | the alignment is not primary |
| 0×0200 | f | the read fails platform/vendor quality checks |
| 0×0400 | d | the read is either a PCR or an optical duplicate |
从该表中，我们可以知道，0×0004标记表明了read比对不成功。而samtools中的view工具使用-f INT来依照INT与标记致保留reads，使用-F INT来跳过reads。当然我们还可使用它们来过滤其它的信息。比如我们想知道有多少paired end reads有mate并且都有map时，可以使用-f 1 -F 12来过滤。
samtools view -c -f 1 -F 12 test.bam
其中-f 1指定只包含那些paired end reads，-F 12是不包含那些unmapped(flag 0×0004)以及mate是unmapped(flag 0×0008)。0×0004 + 0×0008 = 12. 小工具提供给大家。关于samtools的更多有趣的事情，可以阅读：A Sourceful of Secrets
有了这个记数，我们就可以计算cuffdiff中的FPKM值了。
原文来自：http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/3419