linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据

2014/02/161 14,168

1、首先安装Aspera

参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》，保证该软件在服务器上已经可用。

测试代码，注意最后有个点，代表下载到当前目录下：

ascp  -i  /your-path-to/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP021/SRP021493/SRR834864/SRR834864.sra

2、参考《Viewing and downloading tabular metadata with the SRA Run Selector》下载宏基因组数据对应的下载链接

下载后得到的链接地址如下：

做些修改，把ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov部分都去掉，只剩下文件路径，如下：

3、开始下载：

ascp  -i /your-path-to/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  SRR_Download_List.txt

4、用SRA tools把SRA格式转换成fastq

下载tools https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/，linux版本，下载解压后可以直接使用，添加个环境变量即可。

命令：

fastq-dump.2.3.5.2 -A SRR*.sra

5、OK，大功告成！

my test command：

ascp  -i  /share/home/jialj/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  SRR_Download_List_file_list.txt

原文来自：http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/13570581120144935013905

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