按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上，或者是安装上了，但不能用，上面介绍的几种方法都试了，全不行，后面自己想了个办法，就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装，简单适应，如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。
1、确定cpan能用。
>perl -MCPAN -e shell cpan>install Bundle::CPAN cpan>q
2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。
>cpan cpan>install Module::Build cpan>o conf prefer_installer MB cpan>o conf commit cpan>q
3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。
cpan>install Bio::SeqIO
4、安装SeqFeature模块（序列特征信息的获取或解析）。
cpan>install Bio::SeqFeature
5、安装GenBank模块
cpan>install Bio::GenBank
6、安装AlignIO和AlignI模块（数据格式格式转换）。
cpan>install Bio::AlignIO cpan>install Bio::AlignI
7、安装DNAstatistics模块（序列统计分析，进化距离计算）。
cpan>install Bio::DNAstatistics
上面是一引起常用的模块，至于其它的一些模块如果要用到就按这种方法安装就行了。
原文来自：http://bioinformation.cn/?p=411