由于连接测序仪的服务器不知道哪里抽了风，无法直接的生成fastq格式的文件，好久都无解，经过一段时间仍无法解决，所以采用曲线救国的方法，看能不能利用三方软件将bcl转换成fastq文件
google以后发现illumina的OLB（off-line Basecaller）软件可以实现从bcl格式转换成qseq格式，而qseq格式就可以通过简单的perl或者shell或者java脚本转换成fastq格式。还有一种策略是利用picard的IlluminaBcl2sam转换成sam格式，然后再从sam转换成fastq格式（虽然没有采用这种方法，但是隐隐的感觉该方法可能转换出来的数据不理想，而且中间生成的sam文件也比较大比较占空间，加上感觉参数指定的时候很多文件例如positionfile ，filterfile都没用上）。本人对bcl格式知道的不多，测序生成的rawdata原始文件夹有个Intensitive 而该文件夹又含有basecall文件夹和很多的positionfile，虽然不知道position file是干嘛的，但是后面采用OLB软件转换的时候会用到这些文件，basecalling文件夹下又含有不同lane的信息例如L001等，打开每个lane文件夹进去看，发现很多C打头的文件夹，这些文件夹根据我的理解就是变合成边测序产生circle文件，每个circle代表一个碱基。点开进去就是我们需要转换的bcl文件了。
下面从基本的OBL安装开始（http://support.illumina.com/documents/MyIllumina/ec3129a6-b41f-4d98-963f-668391997f1a/OLB_194_UserGuide_15009920D.pdf 这是manual）
简单说一下 ，这个安装时很麻烦的，幸亏我们服务器安装了绝大多数的包，但是仍有几个包没有安装，这么多的包得安装你没有管理员权限是很难完成的，这里稍作总结一下：
这是manual文件中涉及的需要安装的包，看一下 是不是需要很多，其中perl，python自然是最基础的，记住版本一定要大于所要求的，GNU编译器也是需要的，c++编译器也是需要安装。gnuplot是之前自己装，隐约觉得挺快就装好了，这些不懂的都可以去百度。其中比较麻烦的是Ghostscript和ImageMaker ，Ghostscript是用来转换bitmap的工具，这里也要调用，fft包官方下载的OLB 安装包下自带，需要进入fft文件夹编译安装以后才能使用。
这些依赖的软件及软件包都安装完了以后就需要安装OLB了，方法也很简单，进入OLB文件夹，输入
make make install
如果没有报错 就基本没问题了。下面使用OLB对文件进行转换，转换的qseq文件有两种方式一种是默认的bustard的方式 也是默认的方式，产生的文件中的未测到的碱基用“.” 表示，还有一种下游的GERALD生成的文件中为测到的碱基用N表示（通过--gerald参数），如果你采用第一种，之后也还要对数据中的“.”进行替换。
这里主要用这个软件转换数据格式，所以其他的功能也不做讨论，具体看如何转换:
首先进入你的数据所在目录的下的basecall的文件夹下面，然后输入
这里值得注意的是，后面的参数需要进行更改，在指定-b和-o（表示文件输入目录和输出目录-这个必须是新建的）的同时还要制定-f和-i -p,分别表示filter文件所在位置，intensive文件和position文件所在位置，不然就会报错。
这样就会在你的输出文件夹产生一个makefile。进入你的输出文件夹cd
输入
make -j 8 # 表示线程数
就会拿到你需要的qseq文件，这步会花费很长的时间，你需要保存log文件用于检查数据有没有问题，这里也要注意文件完整性，故在跑程序之前都要检查文件是否有问题，不然中途就会中断。
产生的后的qseq文件需要进行转换
其中perl的代码如下
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
while (<>) {
chomp;
my @parts = split /\t/;
print "@","$parts[0]:$parts[2]:$parts[3]:$parts[4]:$parts[5]#$parts[6]/$parts[7]\n";
print "$parts[8]\n";
print "+\n";
print "$parts[9]\n";
}保存以后 运行就可以生成一堆的fastq文件，这里还要对每个lane的文件进行合并，采用cat命令就可以实现。
cat s_1_1_0???_qseq.txt | qseq2fastq.pl > s_1_1.fastq
这样就能得到我们数据分析需要用到的fastq文件的格式了。还有一点需要注意，这里产生的fastq文件中有很多质量差的数据，根原来服务器软件出来的不一样，这里就需要对产生的数据进行质量控制，也就是我们所说的QC了。
原文来自：http://blog.csdn.net/likelet/article/details/8662056