1. ABySS的安装
安装google-sparsehash
- $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2.0.2-1.noarch.rpm
- $ wget http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.7/abyss-1.3.7.tar.gz
- $ tar zxf abyss-1.3.7.tar.gz
- $ cd abyss-1.3.7/
- $ ./configure --prefix=/opt/biosoft/abyss-1.3.7/ && make -j 4 && make install
默认下ABySS支持的最大Kmer是64，在 configure 中使用 --enable-maxk=96 改变软件所能支持的最大 kmer 长度。
- $ make
- $ make install
- $ cd ..
- $ rm abyss-1.3.7/ -rf
- $ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/abyss-1.3.7/bin/' >> ~/.bashrc
- $ source ~/.bashrc
2. ABySS的使用
使用 ABYSS 命令能将 short reads 组装成 contigs。而如果需要组装成 scaffolds，则需要使用 abyss-pe 命令。
2.1 使用 ABYSS 将 short reads 组装成 contigs
使用如下命令查阅 ABYSS 命令的说明：
- $ ABYSS --help
或者
- $ less /opt/biosoft/abyss-1.3.7/share/man/man1/ABYSS.1
简要使用方法：
- $ ABYSS -k 31 -o 31_contigs.fa read1.fastq reads2.fastq
注意事项： -k 和 -o 参数是必须参数； 输入文件可以有多个。
主要使用参数：
- --chastity
- 去除污染的reads，这是默认选项。
- --no-chastity
- 不去除污染的reads。
- --trim-masked
- 从序列某端去除低质量的碱基，这是默认选项。
- --no-trim-masked
- 不从序列末端去除低质量碱基。
- -q | --trim-quality=N
- 从序列尾端去除碱基质量低于此值的碱基。
- --standard-quality
- 碱基质量格式为 phred33 ，这是默认选项。
- --illumina-quality
- 碱基质量格式为 phred64 。
- -o | --out=FILE
- 输出的 contigs 文件的文件名。
- -k | --kmer=N
- k-mer 长度。
- -t | --trim-length=N
- maximum length of dangling edges to trim
- -c | --coverage=FLOAT
- 去除 k-mer 覆盖读低于此值的 contigs 。
- -b | --bubbles=N
- pop bubbles shorter than N bp [3*k]
- -b0 | --no-bubbles
- do not pop bubbles
2.1 使用 abyss-pe 将 short reads 组装成 scaffolds
使用如下命令查阅 ABYSS 命令的说明：
- $ abyss-pe --help
或者
- $ less /opt/biosoft/abyss-1.3.7/share/man/man1/abyss-pe.1
几种使用示例：
1 个 paired-end 文库：
- $ abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'
多个 paired-end 文库：
- $ abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' se='se1.fa se2.fa'
paired-end 和 mate-pair 文库：
- $ abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' se='se1.fa se2.fa'
使用 RNA-Seq 的组装结果进行 rescaffolding ：
- $ abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' long1=long1.fa
使用 MPI ：
- abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'
使用集群：
- qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'
使用多个 k 值进行基因组组装，再寻找最佳 k 值：
- $ export k
- $ for k in {20..40}; do
- $ mkdir k$k
- $ abyss-pe -C k$k name=ecoli in=../reads.fa
- $ done
- $ abyss-fac k*/ecoli-contigs.fa
原文来自：http://www.chenlianfu.com/?p=2109