1. ABySS的安装
安装google-sparsehash
$ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2.0.2-1.noarch.rpm $ wget http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.7/abyss-1.3.7.tar.gz $ tar zxf abyss-1.3.7.tar.gz $ cd abyss-1.3.7/ $ ./configure --prefix=/opt/biosoft/abyss-1.3.7/ && make -j 4 && make install
默认下ABySS支持的最大Kmer是64，在 configure 中使用 --enable-maxk=96 改变软件所能支持的最大 kmer 长度。
$ make $ make install $ cd .. $ rm abyss-1.3.7/ -rf $ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/abyss-1.3.7/bin/' >> ~/.bashrc $ source ~/.bashrc
2. ABySS的使用
使用 ABYSS 命令能将 short reads 组装成 contigs。而如果需要组装成 scaffolds，则需要使用 abyss-pe 命令。
2.1 使用 ABYSS 将 short reads 组装成 contigs
使用如下命令查阅 ABYSS 命令的说明：
$ ABYSS --help
或者
$ less /opt/biosoft/abyss-1.3.7/share/man/man1/ABYSS.1
简要使用方法：
$ ABYSS -k 31 -o 31_contigs.fa read1.fastq reads2.fastq
注意事项： -k 和 -o 参数是必须参数； 输入文件可以有多个。
主要使用参数：
--chastity 去除污染的reads，这是默认选项。 --no-chastity 不去除污染的reads。 --trim-masked 从序列某端去除低质量的碱基，这是默认选项。 --no-trim-masked 不从序列末端去除低质量碱基。 -q | --trim-quality=N 从序列尾端去除碱基质量低于此值的碱基。 --standard-quality 碱基质量格式为 phred33 ，这是默认选项。 --illumina-quality 碱基质量格式为 phred64 。 -o | --out=FILE 输出的 contigs 文件的文件名。 -k | --kmer=N k-mer 长度。 -t | --trim-length=N maximum length of dangling edges to trim -c | --coverage=FLOAT 去除 k-mer 覆盖读低于此值的 contigs 。 -b | --bubbles=N pop bubbles shorter than N bp [3*k] -b0 | --no-bubbles do not pop bubbles
2.1 使用 abyss-pe 将 short reads 组装成 scaffolds
使用如下命令查阅 ABYSS 命令的说明：
$ abyss-pe --help
或者
$ less /opt/biosoft/abyss-1.3.7/share/man/man1/abyss-pe.1
几种使用示例：
1 个 paired-end 文库：
$ abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'
多个 paired-end 文库：
$ abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' se='se1.fa se2.fa'
paired-end 和 mate-pair 文库：
$ abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' se='se1.fa se2.fa'
使用 RNA-Seq 的组装结果进行 rescaffolding ：
$ abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' long1=long1.fa
使用 MPI ：
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'
使用集群：
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'
使用多个 k 值进行基因组组装，再寻找最佳 k 值：
$ export k
$ for k in {20..40}; do
$ mkdir k$k
$ abyss-pe -C k$k name=ecoli in=../reads.fa
$ done
$ abyss-fac k*/ecoli-contigs.fa原文来自：http://www.chenlianfu.com/?p=2109