【絮语】
一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）来说，其相比于ClustalW（或ClustalX）有过之而无不及，所以这里强烈推荐使用MAFFT这款多重比对软件。
PS: 不同比对软件的比较，有兴趣的童鞋可以下载这篇文章看看：Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008
MAFFT官方网站：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
支持平台：Mac OS X 、Linux、Windows
Windows 32位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win32.zip
64位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win64.zip
请根据自己操作系统选择相应版本下载
图1 MAFFT主界面
简明操作流程：
1.载入序列文件 将FASTA格式的待比对序列文件（如：TMV.fas） 复制MAFFT的根目录下（当然也可以放任意位置，只有找得到），双击“mafft.bat”启动MAFFT，此时提示输入文件（Input file?），在@后面输入示例的TMV.fas，也可以直接将文件拖入窗口（注意有个+，说明当前是拖放状态），如下图所示：
加载后回车，当显示“OK”时说明载入文件成功。
2.设置输出信息
输出文件名称自定义，扩展名任意，这里保留原扩展名，输出文件名为TMV-out.fas，确定后回车。
输出文件格式，建议用3或4，这里在@后输入4后回车，此时出现 MAFFT三种主要比对策略的5个选项，如下图：
当你无法确定时候，建议用第1种的--auto模式，让MAFFT根据序列的特点自动选择相应的比对策略，输入1后回车。
当不需要附带参数时，直接回车。
3.开始多重比对
一切设置完毕，输入“Y”回车，程序自动开始比对。
当出现输出文件名，说明比对完成。
4.后续着色美化 详见附录，不再赘述
附：多重序列比对的后期着色渲染
（1） Boxshade （黑白着色），在线网址：http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html相关使用教程，请网上搜索高老师写的《序列着色软件Boxshade图解教程（by raindy）》；
（2） ESPript 彩色着色，在线网址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi，效果图：
（3）TeXShade 自定义着色，详见日志： http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1367885081
原文引自：http://user.qzone.qq.com/58001704/2?ptlang=2052