【絮语】
TEXshade 是 Latex 的一个宏包，可以对 MSF或 ALN 格式的多重比对文件以不同的方式进行着色美化，并可以对重要的位置和区域作出标记。用 TEXshade软件包能做出来的多重比对可视化效果，常常让人耳目一新，当然也是投高IF期刊所必须的。
如果有 LaTeX 基础，TEXshade 可能只是小菜一碟；但如果没有任何的Latex基础，也不担心，看完教程相信也会收获，先上张效果图养养眼。
准备工作：
（1）中文的 LaTeX - CTEX，下载地址：http://ftp.ctex.org/pub/tex/systems/ctex/2.9/CTeX_2.9.2.164.exe （基础版，203M）
（2）LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker，下载地址：http://www.xm1math.net/texmaker/texmakerwin32_install.exe （46.3M）
（3）TEXshade宏包，请移步到网盘下载：http://raindy.ys168.com/ （生信软件目录下texshade.zip 压缩包， 1.1M）
安装流程：
（1） 直接双击运行下载的CTEX，安装过程中，可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件，如下图所示：
（2）双击安装Texmaker，直接下一步下一步安装，直至出现下面窗口后，点击“Close”完成。
（3）将 texshade.zip 压缩包解出来，最好放在非系统盘下，如本例路径为 D:\TEXshade\，注意检查该目录下是否有 texshade.ins 文件。
（4） 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”，调出Windows 的命令行窗口，将当前路径转到 TEXshade所在的目录下（ D:\TEXshade\），如下图所示，此时输入“Latex texshade.ins”，回车，如果出现下图的信息，说明编译通过。
重复输入“Latex texshade.ins”再次编译，texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口，返回到TEXshade目录，此时比先前多了一些文件，这些是都编译生成的，如：AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。
原文引自：http://user.qzone.qq.com/58001704/2?ptlang=2052