【絮语】
在进行系统发育分析过程中，建树序列的进化模型选择是至关重要的一步，尤其对进化模型敏感的ML法和BI法，更是重中之重。对于一些新手而言，经常使用默认参数而忽略了这一关键步骤，从而导致建树结果的不理想。为此，特以图解方式介绍模型选择简要流程，以飨有需要的初学者。
【必备工具】
PAUP、MrMTgui、ModelTest (or MrModelTest) ，相关工具可以网上搜索下载。如果无法下载，请移步到网盘下载：http://raindy.ys168.com/
【简要流程】
Run PAUP-> Save scores->Select file..->MrModelTest
1、配置MrMTgui
将预备的相关软件安装完毕即可配置MrMTgui，分别设置PAUP、ModelTest和MrModelTest路径，如下图所示：
2、运行 PAUP
运行PAUP，选择待选择模型的文件，如：本例的mafftCP.nex 为MAFFT软件比对后的建树文件，选定后，PAUP自动开始计算各模型的参数值：
3、保存Scores
当模型参数值计算完毕，程序会提示是否立即启动分析，建议选择“否”，先保存该scores文件。
4、模型选择
本例以 MrModelTest 为演示（ModetTest 类似，只是可选用的模型为48种，而MrModelTest只有常见的24种)，在运行MrModelTest前，先选择前一步骤保存的Scores文件，选定完毕即可运行MrModelTest，数秒后就会有模型设置参数生成。
MrModelTest运行结束后，有两个标准，一个是hLRTs，另一个是AIC标准，如下图所示
5、添加模块
得到的模型参数，可以添加到建树的文件 *.nex中，如：用PAUP建ML树，可以将AIC标准下的参数值添加到nex文件的PAUP模块内，如下图所示：
当然，如果你是用MEGA等建树，可以将相关的参数值复制出来，并在MEGA建树修改对应的参数。
原文引自：http://user.qzone.qq.com/58001704/2?ptlang=2052