【絮语】
多重比对是核苷酸和氨基酸序列分析的重要内容之一，通过多重比对，可以找出序列的保守区域，可以为分子进化分析提供依据。但由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。
【类别】
着色美化依据划分标准不同，有多种着色类型。
（1）根据着色操作的智能程度，可分为自动着色模式和手动着色模式，如：SeqLogo和GeneDoc；
（2）根据着色色彩效果不同，则可以分为黑白模式和彩色模式，如：Boxshade和ESpript；
（3）根据联网方式，则可以分为在线方式和本地（离线）方式，如：Boxshade和GeneDoc；
（1）Boxshade 着色美化（仅黑白模式，在线运行）
在线网址：http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html
推荐输出格式为『RTF_New』（需等宽字体方可在Word显示正常），输入格式推荐用ALN格式，用记事本打开Clustalx比对文件，复制全部内容粘贴在相应选项框内。
相关教程详见高老师的《序列着色软件Boxshade图解教程(By Raindy)》，百度文库可下载：
http://wenku.baidu.com/view/0fda81170b4e767f5acfce9c.html，本文不再赘述，具体效果图如下：
（2） ESpript 着色美化（黑白/彩色模式，在线运行）
在线网址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
提交时蛋白质序列时，可以将蛋白的结构文件*.pdb 文件一起上传，即可在比对上方显示二级结构示意图。
具体操作步骤详见《ESpript 美化多重比对序列图解(By Raindy)》（http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1385876060）一文，生成效果图如下所示，详见《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》（遗传）：
（3）TEXshade着色美化 （黑色/彩色模式，本地运行）
详见《多重比对着色软件包 TEXshade安装教程》一文，效果图如下图所示：
（4）GeneDoc 着色美化（黑白/彩色模式，本地运行）
未完待续，Coming Soon...
（5）WebLogo/SeqLogo 美色美化（黑白/彩色模式，在线/本地运行）
WebLogo在线网址：http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi
SeqLogo在线网址：
（6）JProfileGrid（彩色模式，Java程序，本地运行）
对于超大量的序列多重比对，推荐使用JProfileGrid美化
下载地址：http://www.profilegrid.org/downloads.shtml
原文引自：http://user.qzone.qq.com/58001704/2?ptlang=2052