热图(heatmap)绘制有很多方法，最多就是R了吧，Excel，MATLAB 也很常见，各种工具琳琅满目，这里我向大家推荐一款非常简单高效的热图绘制工具，更重要的是，它完全不需要命令行！！，完全满足了编程小白，编程大神，等等等等，对heatmap的所有基本需求。它内设了许多色系，直接选择最喜欢的就好，支持聚类，可以方便改动x轴和y轴标题的设置.....
先上图
数据导入支持excel，只要拖动鼠标，选择数值数据区域即可，默认是不显示X轴和Y轴标题的，如果需要，可以指定哪一行是x轴，哪一列是y轴。
技巧1：导入数据前，先点击DEMO，选择好喜欢的色系，这样导入数据后，就直接以该色系画图了
然后，小伙伴们就可以自由的修改这个heatmap了，包括，X轴，Y轴标题角度，字体，整个图片旋转，边距等等，基本的需求都能满足。每次修改后，都需要点击REFRESH进行刷新。
技巧2：如果绘制热图的数据跨度比较大，比如从1到100都有，那么强烈推荐先对数据做归一化，这个可以放心，软件能自动帮你完成，只需要两步,
1). 选择option的statistic按钮
然后在这里选择log归一化的方式
2）点击Bar面板，选择“Auto Fill”按钮，再点ok，然后refresh一下就好
这个软件还可以做聚类。你可以根据需要选择对哪个轴做聚类，这个就不讲了，只要选择参数面板上的Clustering复选框就可以，简单明了。
导出图片，右键点击图片，你会看到导出选项，也是很简单，支持png，jpg，tiff，以及3种dpi，足够满足paper发表的质量。
这个工具还有一个小视频，可以去看下，如果实在不会的话。。。
http://hemi.biocuckoo.org/faq.php
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好熟悉的GPS！
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@ 爪爪 哈哈
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@ 爪爪 嗯，我们组做的，好几年前就想做这个了，主要是我本人不喜欢R，为做一张图还要装几百兆的东西不值得。
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@ 爪爪 资料不错 推荐下
http://d.dxy.cn/detail/7588424
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赞赞
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好
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那么问题来了，哪里有这软件呢？
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@ lango 下载请见这里
http://hemi.biocuckoo.org/down.php
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@ Bio 这套资料不错
http://d.dxy.cn/detail/7588424
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@ zuxuetongboshi 你有整套么
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进行层次聚类的时候总是提示“生成热图错误，确认数据，重试”，数据格式和视频上是一样的，要怎么处理？谢谢！
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@ Eric 要不把数据发给我下，我来试一下？我们很希望有意见和bug提交，帮助我们改进和更方便大家使用
我的邮箱是:ybwang@hust.edu.cn
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@ Bio 已经给您发了数据，麻烦了
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@ Eric 您好，感谢您的反馈。该问题是由一个bug造成的，请下载最新版本重新安装或者下载
http://hemi.biocuckoo.org/updates/1.0.0/update.zip
并解压至HemI安装目录以覆盖三个同名文件。更新包体积约3.5M，下载较快，推荐使用。
再次感谢您的反馈让我们找到这个bug。如果还有任何问题，欢迎来信。
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@ sirius 谢谢！可以了！
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刚好想用
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您好，请问如何加入标题？谢谢！自己弄了很久都不行
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@ xw 暂时还不行，急用的话用ps修一下吧。这个建议很好，我们会更新并加上的，谢谢
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你好！为什么我的数据导进去refresh之后一直都实现显示loading？一开始是用了12个样品40000个基因。后来觉得是因为太大了选择其中6000个基因6个样品来做，结果还是这样。一直loading…… 真实是因为我的数据太多了吗？这种情况是不是需要很长的时间。我试过两个小时还是这样。
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@ 猩猩 你可能是选择了聚类吧，聚类的话内存消耗是很大的，可以直接用命令行启动程序，进入程序安装目录后按住shift右击空白处，选择在此处打开命令行，敲入命令：
java -jar -Xmx1024m HemI_1.0.jar
其中，-Xmx1024m为指定为程序分配多少内存，此处为1GB即1024MB。如果是64位系统基本没有内存限制，32位版理论限制为约4G(少于)，实际与装机内存和系统已占用内存有关。
感谢反馈，我们会优化聚类算法减少内存占用的。如果方便，可以把数据给我试着帮你算一下，邮箱dengwankun@hust.edu.cn[img]http://hemi.biocuckoo.org/images/1.png[/img][img]http://hemi.biocuckoo.org/images/2.png[/img]
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你好！我在你给的网站上下载的软件，打开后显示软件运行错误，无法进行任何操作。
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@ danae 您的操作系统是什么，32位还是64位的？
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@ Bio 谢谢回复！重装一遍后问题解决了。我想再请教一下， Demo都是固定的行数数，我怎样可以根据我的需要修改行数呢？非常感谢。
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@ danae 你的数据有多少行就能画多少行，与demo无关，demo只是提供了预设的色系，你可以选择好某个喜欢的demo，然后load数据即可
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你好！我下载了HemI 1.0，但是为什么load data的时候总是load不进去，一按refresh就说something went wrong when generating heatmap，让重试，但是重试后依然这样？
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@ zhangly 不介意的话，把数据发给我，我看看是什么问题
ybwang@hust.edu.cn
dengwankun@hust.edu.cn
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@ Bio 谢谢您的回复，原来我下的是高分辨率64那个版本，后来换了普通64就没有上述问题了，谢谢！P.S.软件非常好用！
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您好: 请问如果我将基因以k-means 分成三群，我能分别输出此三群各自含有的基因吗
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您好，我安装hemi之后，不管是用自己的数据，还是点dome，都一直提示“some thing went wrong while generating heatmap,please check your data and try again”,不知道是什么原因呢？我下载的是官网上的最新版呀？
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@ xfdywy 可能你用的是高分辨率显示屏，目前hemi在这种环境下存在些问题，我们正在改善
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some thing went wrong while generating heatmap,please check your data and try again 一直是这个问题 如何解决呢？
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请问选择了数据，finish点击后，没有任何结果图出现呢
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是我load的数据不正确吗？可是看到官网上的操作视频也是选择数据然后finish就可以了呀
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@ 深林小语2 检查下数据格式，看看有没有问题
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@ Bio 数据格式就是txt呀，要注意什么呢
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@ 深林小语2 我指的不是文件格式，是你的数据格式，你可以把数据放到excel里面看看，然后通过excel导入。希望对你有帮助
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很好的软件
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你好 为啥横轴名称添加不上去吗
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@ 小贝· 我也是,横轴名称没有
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@ sapphire @sapphire : 你把横轴坐标名称手动输一遍应该就可以了
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@ 小贝 我发现是导入的表格要顶格,上面和左边都要没有空格,这样问题就解决了
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@ 小贝 你们说的横轴名称是指的标题？还是坐标轴上面的名称？如果是标题，这个版本暂时还没有添加，如果是坐标轴名称，是可以有的，如果你的数据里有名称，就可以显示
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@ Bio 您好，软件很好用，想问下，那个色带能变换位置吗？谢谢