RNA-SeQC是一个计算一系列对RNA-Seq数据进行质量控制的计量学的java程序。输入内容可以是一个或者多个BAM文件。输出文件是则包括计量数据的HTML报告和tab delimited文件。这个程序可以对计算不同样品或者实验间的测序质量来评估不同的实验参数很有用处。在继续下游分析前，这个程序也可以把单个样品中作为一个质量控制的平均值来进行分析。
—Reads读取
总的，独特，复制的Reads
定位的Reads和定位的独特Reads
rRNA Reads
转录-注解Reads（基因内的，基因间的，外显子的和内含子的）
有效表达谱（由外显子产生的Reads数与总测序的Reads数的比值）
—覆盖度
平均覆盖度（Reads/碱基位置）
平均差异系数
5’/3’偏差
覆盖度间隙：数量，长度
覆盖度点
缩减采样
GC偏差
与参考表达谱的相关性
可用信息：RNA-SeQC可以用GenePattern基因组分析来在线运行，或者下载下来在本地运行