PGAP（Pan-Genomes Analysis Pipeline） 是一款用于原核生物泛基因组学分析的自动化软件。它主要包括以下五大功能：
- 功能基因的聚类：根据序列相似性，将所有细菌中的功能基因按功能聚类成不同的基因簇；
- 泛基因组特征分析：拟合细菌的泛基因组特征曲线以及分析泛基因组开放、闭合特征
- 功能基因的遗传变异分析：分析所有功能基因中突变、插入删除位点
- 物种演化分析：基于核心基因中的SNP位点信息和基因簇的有无，分析细菌的演化关系
- 基因簇的功能富集分析：根据COG分类，分析不同保守程度基因簇的功能富集特征
PGAP软件可以用于研究细菌的演化分析、探索病原菌致病机制、流行病学研究等等。
论文介绍：
With the rapid development of DNA sequencing technology, increasing bacteria genome data enable the biologists to dig the evolutionary and genetic information of prokaryotic species from pan-genome sight. Therefore the high-efficiency pipelines for pangenome analysis are mostly needed. We have developed a new pan-genome analysis pipeline (PGAP), which can perform five analytic functions with only one command, including cluster analysis of functional genes, pan-genome profile analysis, genetic variation analysis of functional genes, species evolution analysis and function enrichment analysis of gene clusters. PGAP’s performance has been evaluated on 11Streptococcus pyogenes strains.
下面是该软件的工作流程图：
该软件可以从 http://pgap.sourceforge.net/ 免费下载。
相关论文：
Yongbing Zhao, Jiayan Wu, Junhui Yang, Shixiang Sun, Jingfa Xiao and Jun Yu. PGAP: Pan-Genomes Analysis Pipeline. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/29/bioinformatics.btr655.abstract