$ wget ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/gce/gce-1.0.0.tar.gz
$ tar zxf gce-1.0.0.tar.gz -C /opt/biosoft

$ /opt/biosoft/gce-1.0.0/kmerfreq/kmer_freq_hash/kmer_freq_hash \
  -k 21 -l reads.list -a 10 -d 10 -t 24 -i 50000000 -o 0 -p species &> kmer_freq.log

-k 
    设置 kmer 的大小。该值为 9~27，默认值为 17 。
-l string
    list文本文件，其中每行为一个fastq文件的路径。
-t int
    使用的线程数，默认为 1 。
-i int
    初始的 hash 表大小，默认为 1048576。该值最好设置为 （kmer 的种类数 / 0.75）/ 线程数。如果基因组大小为 100M，测序了 40M 个 reads，reads 的长度为 100bp，测序错误率为 1%，kmer的大小为 21，则kmer的种类数为100M 40M*100*1%*21=940M，若使用24线程，则该参数设置为 i=940M/0.75/24=52222222。
-p string
    设置输出文件的前缀。
-o int
    是否输出 k-mer 序列。1: yes, 0: no，默认为 1 。推荐选 0 以节约运行时间。
-q int
    设置fastq文件的phred格式，默认为 64。该值可以为 33 或 63。
-c double
    设置k-mer最小的精度，该值位于 0~0.99，或为 -1。 -1 表示不对 kmer进行过滤。设置较高的精度，可以用于过滤低质量 kmer。精度是由 phred 格式的碱基质量计算得来的。
-r int
    设置获取 k-mer 使用到的 reads 长度。默认使用 reads 的全长。
-a int
    忽略read前面该长度的碱基。
-d int
    忽略read后面该长度的碱基。
-g int
    设置使用该数目的碱基来获取 k-mers，默认是使用所有的碱基来获取 k-mer。

$ /opt/biosoft/gce-1.0.0/gce \
  -f species.freq.stat -c 85 -g 4112118028 -m 1 -D 8 -b 1 > species.table 2> species.log

-f string
    kmer depth frequency file
-c int
    kmer depth frequency 的主峰对应的 depth。gce 会在该值附近找主峰。
-g int
    总共的 kmer 数。一定要设定该值，否则 gce 会直接使用 -f 指定的文件计算 kmer 的总数。由于默认下该文件中最大的 depth 为 255，因此，软件自己计算的值比真实的值偏小。同时注意该值包含低覆盖度的 kmer。
-M int
    支持最大的 depth 值，默认为 256 。
-m int
    估算模型的选择，离散型（0），连续型（1）。默认为 0，对真实数据推荐选择 1 。
-D int
    precision of expect value，默认为 1。如果选择了 -m 1，推荐设置该值为 8。
-H int
    使用杂合模式（1），不使用杂合模式（0）。默认值为 0。只有明显存在杂合峰的时候，才选择该值为 1 。
-b int
    数据是（1）否（0）有 bias。当 K > 19时，需要设置 -b 1 。

raw_peak	now_node	low_kmer	now_kmer	cvg	genome_size	a[1]	b[1]
84	35834245	22073804	4044916750	84.6637	4.83093e 07	0.928318	0.637648
 
raw_peak： 覆盖度为 84 的 kmer 的种类数最多，为主峰。
now_node： kmer的种类数。
low_kmer： 低覆盖度的 kmer 数。
now_kmer： 去除低覆盖度的 kmer 数，此值 = （-g 参数指定的总 kmer 数） - low_kmer 。
cvg：估算出的平均覆盖度
genome_size：基因组大小，该值 = now_kmer / cvg 。
a[1]： 在基因组上仅出现 1 次的 kmer 之 种类数比例。
b[1]： 在基因组上仅出现 1 次的 kmer 之 数量比例。该值代表着基因组上拷贝数为 1 的序列比例。

for hybrid: a[1/2]=0.223671 a1=0.49108
kmer-species heterozygous ratio is about 0.125918
 
上面结果中，0.125918 是由 a[1/2] 计算出来的。 0.125918 = a[1/2] / （ 2- a[1/2] ) 。
a[1/2]=0.223671 表示在所有的 uniqe kmer 中，有 0.223671 比例的 kmer 属于杂合 kmer 。
 
此外，有 a[1/2] 和 b[1/2] 的值在最后的统计结果中。重复序列的含量 = 1 - b[1/2] - b[1] 。