除了收集动植物miRNA及其功能的数据,已存的miRNA资源通常只收集有限数量物种的miRNAs。许多miRNAs,包括一些生物模型中的miRNA,都还没有被发现。因此,现在需要寻找新的microRNA。
波兰Adam Mickiewicz大学 Izabela Makałowska的基因组进化实验室刚建立了miRNEST,一个关于动植物和病毒的miRNA的综合性数据库。数据库的核心部分是作者根据225种动物和202种植物的表达序列标签(EST)进行的miRNA预测。MiRNA寻找是根据序列相似性及已发现的221种动物和199种植物中的10,004个候选miRNA来进行的。除了这些候选miRNA,miRBase中只有299个miRNA未被包含进去。另外,miRNEST的外部miRNA数据已经被并入13个数据库中,其中包括生效的miRNA序列,小RNA测序数据,表达,多样性,靶标数据和进入外部miRNA资源的链接。这些都miRNEST变成了一个可靠的miRNA资源,拥有把544个物种分散的miRNA数据整合成统一格式的网络接口,用户可以方便使用。
官方的相关说明:
miRNEST is a comprehensive collection of animal, plant and virus microRNA data..
The database provides you with:
a) 9980 miRNA candiates from 420 animal and plant species predicted in Expressed Sequence Tags
b) predicted targets for plant candidates
c) RNA-seq reads mapped to candidates from 29 species
d) external data from 12 databases that includes sequences, polymorphism, expression and regulation.