这是跟tophat和cufflinks套装紧密搭配使用的一个R包，能出大部分文章要求的标准化图片。
一：安装并加装该R包
安装就用source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) ;biocLite(“cummeRbund”)即可，如果安装失败，就需要自己下载源码包，然后安装R模块。
然后把cuffdiff输出的文件目录拷贝到R的工作目录，或者自己设置工作目录
二：读取FN目录下面的所有文件。
可以看到把cuffdiff下面的文件夹所有的文件都读取到了，里面有如下文件，包括genes，isoforms，cds，tss这四种差异情况都读取了。
三：表达水平分布图
四、表达水平箱线图
csBoxplot(genes(cuff_data))
五、画基因表达差异热图
画出热图如下
六、得到差异的genes,isoforms,TSS,CDS等等
- 得到上调下调基因列表
diffData
只有一百个有表达差异的基因
最后贴出一个综合性的代码，算了，太浪费空间了，把整个空间搞得不好看，就不贴了。
这个代码可以自动运行出图;
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/271.html