一：下载安装该软件
下载安装该软件： wget https://codeload.github.com/TransDecoder/TransDecoder/tar.gz/2.0.1
解压进入该目录，查看里面的文件
make一下就可以用了，看起来好像是依赖于perl模块的
这个TransDecoder.LongOrfs就是我们这次需要的程序，查看该程序，的确真是一个perl程序，看来perl还是蛮有用的。
二：准备数据
它里面有个测试数据，是比较全面的，也比较复杂，我就不贴出来了，反正我是那trinity组装好的fasta格式的转录组数据来预测ORF的。
三：运行命令
它给的测试命令也很复杂
## generate alignment gff3 formatted output ../util/cufflinks_gtf_to_alignment_gff3.pl transcripts.gtf > transcripts.gff3 ## generate transcripts fasta file ../util/cufflinks_gtf_genome_to_cdna_fasta.pl transcripts.gtf test.genome.fasta > transcripts.fasta ## Extract the long ORFs ../TransDecoder.LongOrfs -t transcripts.fasta
当然我们只需要看最后一步，这是重点
我这里是直接对我们的trinity组装好的转录本进行预测ORF
/home/jmzeng/bio-soft/TransDecoder/TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta
命令很简单
输出来的文件就有预测的蛋白文件，这个文件是trinotate对转录本进行注释所必须的文件
四：输出文件解读
longest_orfs.cds 这个是预测到的cds碱基序列，
longest_orfs.gff3 这个是预测得到的gff文件
longest_orfs.pep 这个就是预测得到的蛋白文件
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/346.html