一：下载安装该软件
去官网下载trinity并解压安装 http://trinityrnaseq.github.io/
安装非常简单，一个make即可
这个软件比较大，约150M。所以安装需要一会时间，以下是安装进程日志，可以看出trinity这个软件安装的同时还附带着好几个测序一起安装进来了。
安装之后即可使用啦，就在安装目录下那个绿色的就是可执行文件，可以添加到环境变量直接调用，也可以用全路径来调用。
二：准备数据
它的功能就是来组装转录组的，所以需要的就是转录组的测序reads序列fastq格式即可
三：运行命令
查看help
可以看到其实简单的使用trinity是非常简单的，只需要三个参数即可
/home/jmzeng/bio-soft/trnity/Trinity –seqType fq –single SRR1793917.fastq –CPU 16 –max_memory 50G
然后就可以精心等待结果啦
等了一晚上没看到结束，我top了一下，看到了一大堆的进程
包括了trinity的第三方插件，它的perl程序包，它的另外两个套件butterfly和chrysalis
还调用了工具包里面的一下java程序
我进去后台看了程序，第一个阶段已经完成啦，
然后是第二个阶段的工作，正在进行中，第二个工作是由parafly来完成的
又等了一个白天，终于跑完了
耗时约25个小时，但是我看不懂总共时间显示。
四：输出文件解读
总共产出的文件特别多
其中Trinity.fasta是最重要的， 是整个软件组装好的RNA数据
共178100条转录本
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/125.html