一，下载该软件
wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
解压直接使用即可，里面有一大堆的软件，针对不同的测序仪，不同的数据
我一般只用/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump
/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump –split-3 SRR1793917.sra
二：下载数据
首先去NCBI里面搜索并找到你想要的数据的SRA地址，然后写脚本批量下载。
如果文献里面的SRA号，那么可以直接打开NCBI里面的搜索界面下载
如果文献里面是SRP号，那么该SRP会涉及到好几个SRA数据，得一个个开网站下载
三：用命令解压数据
下载之后的数据是
非常简单的命令，就可以把当前文件夹下的所有sra都解压开来！
for i in *sra do echo $i /home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i done
解压的同时它也会显示每个SRA文件的数据量
四：结果文件解读
可以看到，每个SRA文件都产生了两个reads，分别是左右两端测序，说明这个SRA文件是双端测序策略。
随便打开一个fastq文件可以看到，它的读长是300bp
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/338.html