下载最新版GO

首先要明白，需要下载什么？

要下载四万多条GO记录的详细信息（http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo）

要下载GO与基因之间的对应关系！（物种）（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA）

去官网！

下载最新版GO-图片1

grep ‘\[Term\]’ go-basic.obo |wc

43992 43992 307944

版本的区别!刚才我们下载的GO共有43992条，而以前的版本才38804条

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GO与GO之间的关系

下载最新版GO-图片3

对应关系也在更新

> as.list(GOBPPARENTS[‘GO:0000042′])

$`GO:0000042`

is_a is_a is_a is_a

“GO:0000301″ “GO:0006605″ “GO:0016482″ “GO:0072600″

下载最新版GO-图片4

library(org.Hs.eg.db)

library(GO.db)

> tmp=toTable(org.Hs.egGO) ##这个只包括基因与最直接的go的对应关系

> dim(tmp)

[1] 213101 4

> tmp2=toTable(org.Hs.egGO2ALLEGS) #这个是所有的基因与go的对应关系

> dim(tmp2)

[1] 2218968 4

基因与GO的对应关系也在更新

grep ‘^9606′ gene2go |wc -l ### ##这个只包括基因与最直接的go的对应关系

269063

ftp://ftp.informatics.jax.org/pub/reports/index.html#go

原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/1211.html