现有的基因芯片种类不要太多了！
但是重要而且常用的芯片并不多！
一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系。
金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载啦！！！
一种是直接用bioconductor的包
一种是从NCBI里面下载文件来解析好！
首先，我们说官网，肯定可以找到，不然这种芯片出来就没有意义了！
然后，我们看看NCBI下载的，会比较大
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL6947
这两种方法都比较麻烦，需要一个个的来！
所以我接下来要讲的是用R的bioconductor包来批量得到芯片探针与gene的对应关系！
一般重要的芯片在R的bioconductor里面都是有包的，用一个R包可以批量获取有注释信息的芯片平台，我选取了常见的物种，如下：
gpl organism bioc_package 1 GPL32 Mus musculus mgu74a 2 GPL33 Mus musculus mgu74b 3 GPL34 Mus musculus mgu74c 6 GPL74 Homo sapiens hcg110 7 GPL75 Mus musculus mu11ksuba 8 GPL76 Mus musculus mu11ksubb 9 GPL77 Mus musculus mu19ksuba 10 GPL78 Mus musculus mu19ksubb 11 GPL79 Mus musculus mu19ksubc 12 GPL80 Homo sapiens hu6800 13 GPL81 Mus musculus mgu74av2 14 GPL82 Mus musculus mgu74bv2 15 GPL83 Mus musculus mgu74cv2 16 GPL85 Rattus norvegicus rgu34a 17 GPL86 Rattus norvegicus rgu34b 18 GPL87 Rattus norvegicus rgu34c 19 GPL88 Rattus norvegicus rnu34 20 GPL89 Rattus norvegicus rtu34 22 GPL91 Homo sapiens hgu95av2 23 GPL92 Homo sapiens hgu95b 24 GPL93 Homo sapiens hgu95c 25 GPL94 Homo sapiens hgu95d 26 GPL95 Homo sapiens hgu95e 27 GPL96 Homo sapiens hgu133a 28 GPL97 Homo sapiens hgu133b 29 GPL98 Homo sapiens hu35ksuba 30 GPL99 Homo sapiens hu35ksubb 31 GPL100 Homo sapiens hu35ksubc 32 GPL101 Homo sapiens hu35ksubd 36 GPL201 Homo sapiens hgfocus 37 GPL339 Mus musculus moe430a 38 GPL340 Mus musculus mouse4302 39 GPL341 Rattus norvegicus rae230a 40 GPL342 Rattus norvegicus rae230b 41 GPL570 Homo sapiens hgu133plus2 42 GPL571 Homo sapiens hgu133a2 43 GPL886 Homo sapiens hgug4111a 44 GPL887 Homo sapiens hgug4110b 45 GPL1261 Mus musculus mouse430a2 49 GPL1352 Homo sapiens u133x3p 50 GPL1355 Rattus norvegicus rat2302 51 GPL1708 Homo sapiens hgug4112a 54 GPL2891 Homo sapiens h20kcod 55 GPL2898 Rattus norvegicus adme16cod 60 GPL3921 Homo sapiens hthgu133a 63 GPL4191 Homo sapiens h10kcod 64 GPL5689 Homo sapiens hgug4100a 65 GPL6097 Homo sapiens illuminaHumanv1 66 GPL6102 Homo sapiens illuminaHumanv2 67 GPL6244 Homo sapiens hugene10sttranscriptcluster 68 GPL6947 Homo sapiens illuminaHumanv3 69 GPL8300 Homo sapiens hgu95av2 70 GPL8490 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation27k 71 GPL10558 Homo sapiens illuminaHumanv4 72 GPL11532 Homo sapiens hugene11sttranscriptcluster 73 GPL13497 Homo sapiens HsAgilentDesign026652 74 GPL13534 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation450k 75 GPL13667 Homo sapiens hgu219 76 GPL15380 Homo sapiens GGHumanMethCancerPanelv1 77 GPL15396 Homo sapiens hthgu133b 78 GPL17897 Homo sapiens hthgu133a
这些包首先需要都下载
下载完了所有的包， 就可以进行批量导出芯片探针与gene的对应关系！
参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_62b37bfe0101jbuq.html
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/1399.html