现有的基因芯片种类不要太多了！
但是重要而且常用的芯片并不多！
一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系。
金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载啦！！！
一种是直接用bioconductor的包
一种是从NCBI里面下载文件来解析好！
首先，我们说官网，肯定可以找到，不然这种芯片出来就没有意义了！
然后，我们看看NCBI下载的，会比较大
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL6947
这两种方法都比较麻烦，需要一个个的来！
所以我接下来要讲的是用R的bioconductor包来批量得到芯片探针与gene的对应关系！
一般重要的芯片在R的bioconductor里面都是有包的，用一个R包可以批量获取有注释信息的芯片平台，我选取了常见的物种，如下：
- gpl organism bioc_package
- 1 GPL32 Mus musculus mgu74a
- 2 GPL33 Mus musculus mgu74b
- 3 GPL34 Mus musculus mgu74c
- 6 GPL74 Homo sapiens hcg110
- 7 GPL75 Mus musculus mu11ksuba
- 8 GPL76 Mus musculus mu11ksubb
- 9 GPL77 Mus musculus mu19ksuba
- 10 GPL78 Mus musculus mu19ksubb
- 11 GPL79 Mus musculus mu19ksubc
- 12 GPL80 Homo sapiens hu6800
- 13 GPL81 Mus musculus mgu74av2
- 14 GPL82 Mus musculus mgu74bv2
- 15 GPL83 Mus musculus mgu74cv2
- 16 GPL85 Rattus norvegicus rgu34a
- 17 GPL86 Rattus norvegicus rgu34b
- 18 GPL87 Rattus norvegicus rgu34c
- 19 GPL88 Rattus norvegicus rnu34
- 20 GPL89 Rattus norvegicus rtu34
- 22 GPL91 Homo sapiens hgu95av2
- 23 GPL92 Homo sapiens hgu95b
- 24 GPL93 Homo sapiens hgu95c
- 25 GPL94 Homo sapiens hgu95d
- 26 GPL95 Homo sapiens hgu95e
- 27 GPL96 Homo sapiens hgu133a
- 28 GPL97 Homo sapiens hgu133b
- 29 GPL98 Homo sapiens hu35ksuba
- 30 GPL99 Homo sapiens hu35ksubb
- 31 GPL100 Homo sapiens hu35ksubc
- 32 GPL101 Homo sapiens hu35ksubd
- 36 GPL201 Homo sapiens hgfocus
- 37 GPL339 Mus musculus moe430a
- 38 GPL340 Mus musculus mouse4302
- 39 GPL341 Rattus norvegicus rae230a
- 40 GPL342 Rattus norvegicus rae230b
- 41 GPL570 Homo sapiens hgu133plus2
- 42 GPL571 Homo sapiens hgu133a2
- 43 GPL886 Homo sapiens hgug4111a
- 44 GPL887 Homo sapiens hgug4110b
- 45 GPL1261 Mus musculus mouse430a2
- 49 GPL1352 Homo sapiens u133x3p
- 50 GPL1355 Rattus norvegicus rat2302
- 51 GPL1708 Homo sapiens hgug4112a
- 54 GPL2891 Homo sapiens h20kcod
- 55 GPL2898 Rattus norvegicus adme16cod
- 60 GPL3921 Homo sapiens hthgu133a
- 63 GPL4191 Homo sapiens h10kcod
- 64 GPL5689 Homo sapiens hgug4100a
- 65 GPL6097 Homo sapiens illuminaHumanv1
- 66 GPL6102 Homo sapiens illuminaHumanv2
- 67 GPL6244 Homo sapiens hugene10sttranscriptcluster
- 68 GPL6947 Homo sapiens illuminaHumanv3
- 69 GPL8300 Homo sapiens hgu95av2
- 70 GPL8490 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation27k
- 71 GPL10558 Homo sapiens illuminaHumanv4
- 72 GPL11532 Homo sapiens hugene11sttranscriptcluster
- 73 GPL13497 Homo sapiens HsAgilentDesign026652
- 74 GPL13534 Homo sapiens IlluminaHumanMethylation450k
- 75 GPL13667 Homo sapiens hgu219
- 76 GPL15380 Homo sapiens GGHumanMethCancerPanelv1
- 77 GPL15396 Homo sapiens hthgu133b
- 78 GPL17897 Homo sapiens hthgu133a
这些包首先需要都下载
下载完了所有的包， 就可以进行批量导出芯片探针与gene的对应关系！
参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_62b37bfe0101jbuq.html
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/1399.html