string数据库是PPI领域里面最完备已经最受欢迎的数据库了。如果直接在谷歌里面搜索PPI，映入眼帘就是string的官网，它们的主页现在是html5啦，比较精美： http://string-db.org/
写的很霸气，近两亿的记录，不过一般大家只会关心一个物种，比如人，其实还不到一千万！
我们直接进入下载界面，找到人类的数据，人类的物种ID是9606.
需要一定许可才能下载完整版本，我这里测试最上面那个公开版本数据！
数据很简单，就是protein protein score，共八百多万行记录，记录着string数据库搜集的所有可能以及可信的蛋白相互作用！但是它的蛋白ID是ENSEMBL的ID，所以需要转换成基因的ID，才能被大多数人使用，因为大家的研究单位一般是基因，所以蛋白相互作用略等于基因相互作用。
基因ID转换，我推荐用org.Hs.eg.db这个R的包，很容易就可以实现的！
> tmp=toTable(org.Hs.egENSEMBLPROT) > dim(tmp) [1] 110916 2 > head(tmp) gene_id prot_id 1 1 ENSP00000263100 2 1 ENSP00000470909 3 2 ENSP00000443302 4 2 ENSP00000323929 5 2 ENSP00000438599 6 2 ENSP00000445717
转换好之后就可以上传到数据库啦，然后可以供其它可视化或者分析程序使用！有约500多个蛋白ID是无法转换成对应的基因的，这个很正常，毕竟这种ID本来就不稳定，很多用着用着就失效了！
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/1589.html